J'imagine très bien un cas où le comportement d'apt conviendra mieux pour certains, dont je suis : à un moment, un paquet est installé en tant que dépendance d'un paquet manuel. Par la suite, les fonctionnalités de cette dépendance automatique sont utilisées (projet de développement, par exemple). Un jour, une mise à jour supprime la dépendance initiale. Par exemple, la nouvelle version de notre paquet manuel a changé ses dépendances. Si on me dit (à chaque mise à jour) que les paquets x, y, z sont devenus inutiles sans aller plus loin, je peux décider de marquer non auto ceux que j'utilise, et enlever les autres. Surtout que la plupart du temps ce ne sont pas les quelques kb, à la rigueur Mb occupés en plus qui vont me gratter, donc y'a pas le feu au lac pour autoremove...
Autre exemple. Je suis encore sous Jessie, et étant père de famille avec de multiples activités professionnelles et extra-professionnelles, très franchement il va y avoir un délai avant que je trouve le temps de m'appuyer la migration avec les précautions qui vont autour. Or actuellement j'ai un noyau backport 4.9 qui fonctionne fort bien, mais souffre d'une incompatibilité avec virtualbox que j'utilise de temps à autres. Eh bien je suis très content qu'apt se limite à me signaler que mon noyau 4.8 (compatible avec la version de virtualbox de jessie-backports) est inutile et pourrait être desinstallée. Comme ça je peux à la fois faire mes mises à jour, garder mon noyau qui marche avec virtualbox, et continuer de me voir rappeler que 4.8 pourrait être desinstallé, comme ça le jour lointain où virtualbox et la dernière version de noyau seront à nouveau copains, je ferai tranquillement mon ménage.