Évidemment, les deux pistes que je suggérait sont idiotes :
l'OP a clairement utilisé gmake à chaque fois, et le temps
système montre que la différence se fait en userland.
Donc, faut chercher ailleurs.
Peut être les version de gmake sont elles très différentes ?
Peut être y avait-il déjà des fichiers produits sur les deux autres
machines ? Lancer "gmake clean all" ou équivalent aurait été plus sur.
Peut être les commandes lancés par les makfiles dépendent t-elles des
distributions ?
Dans tous les cas, comparer l'output précis des commandes serait très
utile. Je demande à voir si c'est possible.