C'est tout à fait discutable : les deux sont valides.
Halte là cacahuètes ! « Elles se dupliquent toute seules. »
1/ Soit elles n'ont pas besoin d'aide, et dans ce cas, « toute » est
l'adverbe « tout » auquel on ajoute un 'e' pour faire joli, mais on
accorde pas le nombre. Remplacer par un autre adverbe pour se rendre
compte : « elles se dupliquent entièrement seules ».
2/ Soit elles le font toutes, auquel cas on peut même dire « elles se
dupliquent toutes toute seules ».
Je ne vois aucun cas où « seule » pourrait être au singulier (avec le
sujet au pluriel bien sûr).