У меня тоже Vista. Debian ставил в expert mode. Ошибится однозначно не мог.
Сейчас для проверки переставлял систему. Возникла странная мысль, что глюки
с пропавшим разделом зависели от выбора загрузчика. В первых двух случаях,
когда раздел пропадал выбирал LILO. Сейчас выбрал GRUB раздел не пропал.
У lilo, насколько помню, есть фича "сделать раздел скрытым". После её
применения винда ведёт себя как и положено, т.е. не видит раздел.
Лечится этот эффект в cfdisk установкой типа раздела "fat32" вместо
"hidden fat32" (с ntfs не пробовал).