Ну, у меня такая ситуация возникла при установке ALT Desktop 4.1. Тогда я по своей невнимательности что-то (уже не помню что) не так отметил в процессе разбивки диска, а привычных мне «экспернтых» вопросов не увидел. На выходе получил несколько странную таблицу разделов, с которой вполне работал Linux, но упорно не хотела работать Vista.
У меня тоже Vista. Debian ставил в expert mode. Ошибится однозначно не мог. Сейчас для проверки переставлял систему. Возникла странная мысль, что глюки с пропавшим разделом зависели от выбора загрузчика. В первых двух случаях, когда раздел пропадал выбирал LILO. Сейчас выбрал GRUB раздел не пропал.