Debian-Med: microbio.wml
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Hallo Liste,
nach der umfangreichen Überarbeitung dieser Datei bitte ich euch (und ganz
speziell die Anja von Florian) um Durchsicht der Übersetzung.
Vielen Dank,
- --
Tobias
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Version: GnuPG v1.2.4 (GNU/Linux)
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<define-tag pagetitle>Debian-Med: Molekularbiologie und medizinische Genetik</define-tag>
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#use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med"
#use wml::debian::translation-check translation="1.28"
# $Id: microbio.wml,v 1.24 2004/05/20 13:36:46 toddy Exp $
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## Available as an official Debian package
######################################################################
<h2>
<a id="official-debs" name="official-debs"></a>
<title-official-debs />
</h2>
<project name="BioPerl"
url="http://www.bioperl.org/";
license="Perl Artistic License"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/bioperl";>
Das Bioperl-Projekt ist eine gemeinsame Anstrengung, Berechnungsmethoden
zu sammeln, die routinemässig in der Bioinformatik benutzt werden. Aus
dieser Sammlung wird ein Satz von CPAN-artigen, gut dokumentierten und
frei verfügbaren Perlmodulen erstellt.
</project>
<project name="BLAST2"
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/blast2";>
Das berühmte Sequence-alignment-Programm. Dies ist die »offizielle«
NCBI-Version #2. Das »blastall«-Kommando ermöglicht Ihnen, dem Programm
eine Nukleotid- oder Proteinsequenz zu übergeben. Diese wird mit
Datenbanken verglichen und eine Zusammenfassung der Übereinstimmungen
wird dem Benutzer zurückgegeben.
</project>
<project name="Bugsx"
url="http://linux.tucows.com/preview/9082.html";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/math/bugsx";>
<p>
Entwickle Biomorphs mit genetischen Algorithmen.
</p>
<p>
Das Programm bugsx zeichnet Biomorphs basierend auf parametrischen
Plots von Sinus- und Cosinusfourierreihen und erlaubt Ihnen, unter
Benutzung von genetischen Algorithmen damit zu spielen.
</p>
</project>
<project name="ClustalW"
url="ftp://ftp.pasteur.fr/pub/GenSoft/unix/alignment/ClustalW/";
license="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/clustalw";>
Dieses interaktive Konsolenprogramm ermöglicht das gleichzeitige
Alignment von vielen Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen. Es erkennt,
welches Format benutzt wird und ob die Sequenzen Nukleinsäuren
(DNS/RNS) oder Aminosäuren (Eiweiße) sind. Es gibt Alignments in
verschiedenen Formaten aus, z.B. im
<a href="#phylip">PHYLIP</a>-Format.
</project>
<project name="fastDNAml"
url="http://geta.life.uiuc.edu/~gary/programs/fastDNAml.html";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/fastdnaml";>
fastDNAml ist abgeleitet von Joseph Felsensteins DNAML Version 3.3
(Teil seines Pakets PHYLIP). Bevor Sie fastDNAml verwenden, sollten
Sie die Dokumentation für DNAML heranziehen. fastDNAml ist der Versuch,
das gleiche Problem wie DNAML effektiver zu lösen, damit größere Bäume
und/oder »bootstrap«-Replikate behandelt werden können. Das geschieht
in der Regel auch recht schnell. Vieles von fastDNAml ist ein
Umkodieren des Programms PHYLIP DNAML Version 3.3 von Pascal zu C.
</project>
<project name="Garlic"
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/testing/science/garlic";>
<p>
Garlic wurde zur Untersuchung von Membraneiweißen geschrieben.
Es kann dazu benutzt werden, andere Eiweiße sowie geometrische
Objekte darzustellen. Diese Version von garlic erkennt das
PDB-Format in der Version 2.1. Garlic kann auch dazu benutzt
werden, Eiweißsequenzen zu analysieren.
</p>
<p>
Enthaltene Fähigkeiten:
</p>
<ul>
<li>Die Position und Dicke der Scheiben sind in einem kleinen Fenster
sichtbar.</li>
<li>Atombindungen und Atome werden als unabhängige, zeichenbare Objekte
behandelt.</li>
<li>Die Farben der Atome und Verbindungen hängen von ihrer Position ab.
Fünf Abbildungsmodi sind verfügbar (wie für die Scheiben).</li>
<li>In der Lage, Stereobilder anzuzeigen.</li>
<li>In der Lage, andere geometrische Objekte, wie z.B. Membranen,
anzuzeigen.</li>
<li>Atomare Information ist für ein mit der Maus bedecktes Atom
verfügbar. Kein Klick wird benötigt, einfach den Mauszeiger über
die Struktur bewegen.</li>
<li>In der Lage, mehr als eine Struktur zu laden.</li>
<li>In der Lage, »Ramachandran plot«, Schraubenräder, Venn-Diagramme,
»averaged hydrophobicity« und »hydrophobic moment plot« zu
zeichnen.</li>
<li>Die Eingabeaufforderung ist am unteren Rand des Hauptfensters
verfügbar. Sie ist in der Lage, eine Fehlermeldung und einen Befehl
anzuzeigen.</li>
</ul>
</project>
<project name="HMMER"
url="http://hmmer.wustl.edu/";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/hmmer";>
Hmmer ist eine Suite von Programmen, die Profile-Hidden-Markov-Modelle
(Profile-HMMs) verwenden, um den grundlegenden Strukturkonsens einer
Familie von Eiweiß- oder Nukleinsäuresequenzen zu modellieren.
</project>
<project name="MOLPHY"
url="http://ftp.cse.sc.edu/bioinformatics/molphy/";
license="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/molphy";>
<p>
ProtML ist ein Hauptprogramm innerhalb von MOLPHY, um evolutionäre
Bäume von PROTein-(Aminosäure-)sequenzen abzuleiten, indem es die
Maximum-Likelihood-Methode benutzt. Andere Programme (in der Sprache
C geschrieben)
</p>
<ul>
<li>NucML: Maximum-Likelihood-Ableitung der Stammbäume von
Nukleinsäuren</li>
<li>ProtST: Grundlegende Statistiken von Eiweißsequenzen</li>
<li>NucST: Grundlegende Statistiken von Nukleinsäuresequenzen</li>
<li>NJdist: »Neighbor Joining«-Stammbäume aus der Distance-Matrix</li>
</ul>
<p>
Werkzeuge (Perl)
</p>
<ul>
<li>mollist: Zeige die Liste der Kennungen</li>
<li>molcat: Verknüpfe Sequenzen</li>
<li>molmerge: Vereinige Sequenzen</li>
<li>rminsdel: Entferne »INS/DEL«-Sites</li>
<li>molinfo: Zeige verschiedene Sites</li>
<li>inl2mol: Interleaved -> MOLPHY</li>
<li>mol2phy: MOLPHY -> Sequential</li>
<li>must2mol: MUST -> MOLPHY usw.</li>
</ul>
</project>
<project name="NJplot"
url="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/njplot";>
NJplot kann beliebige Binärbäume zeichnen, die im phylogenetischen
Standard-Baumformat (das Phylip-Paket benutzt z.B. dieses Format)
niedergelegt sind. NJplot ist besonders nützlich, um wurzellose Bäume
aus parsimony einzupflanzen, sowie für Distanz- und
Maximum-Likelihood-Umformungen.
</project>
<project name="PHYLIP"
url="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html";
licence="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/misc/phylip";>
PHYLIP (»PHYLogeny Inference Package«) ist ein Paket von Programmen
für Stammbaumableitungen (Evolutionsbäume) von Sequenzen. Methoden,
die in diesem Paket verfügbar sind, beinhalten »parsimony«, »distance
matrix« und »likelihood«-Methoden, inklusive »bootstrapping« und
Übereinstimmungsbäumen. Datenarten, die benutzt werden können, sind
molekulare Sequenzen, Genhäufigkeiten, Restriktionsstellen,
Distanzmatrizen und 0/1-diskrete Zeichen.
</project>
<project name="PyMOL"
url="http://pymol.sourceforge.net/";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/pymol";>
PyMOL ist ein molekulares Grafiksystem mit einem eingebetteten
Python-Interpreter. Es wurde zur Echtzeit-Visualisierung und schnellen
Erzeugung von qualitativ hochwertigen Molekular-Bildern und -Animationen
entwickelt und ist vollständig erweiterbar und mittels der Python-Lizenz
für jeden frei. Obwohl es auf diesem Gebiet ein Newcomer ist, kann PyMOL
bereits benutzt werden, um erstaunliche Bilder und Animationen mit noch
nicht dagewesener Leichtigkeit zu erzeugen. Es kann außerdem viele andere
wertvolle Aufgaben (wie das Editieren von PDB-Dateien) übernehmen, um
Sie bei Ihrer Forschung zu unterstützen.
</project>
<project name="RasMol"
url="http://www.umass.edu/microbio/rasmol/";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/rasmol";>
<p>
RasMol ist ein Grafikprogramm für die Visualisierung von Proteinen,
Nukleinsäuren und kleinen Molekülen. Das Programm ist zur Anzeige,
Schulung/Lehre und Erzeugung von qualitativ hochwertigen Bildern
gedacht.
</p>
<p>
Momentan unterstützte Eingabeformate sind »Brookhaven Protein Databank«
(PDB), »Tripos' Alchemy«, »Sybyl Mol2«, »Molecular Design Limited's«
(MDL), »Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ« und »CHARMm«.
</p>
<p>
Das geladene Molekül kann als Drahtmodell, Zylinderverbindung,
»alpha-carbon trace«, leerraumfüllende Kugeln, makromolekulare
Bänder (entweder sanft schattierte feste Bänder oder parallele
Stränge), Wasserstoffbindung und Punktoberfläche angezeigt werden.
</p>
</project>
<project name="Readseq"
url="ftp://ftp.bio.indiana.edu/molbio/readseq/version1";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/readseq";>
Liest und schreibt Zellkern-/Eiweißsequenzen in verschiedenen Formaten.
Dateien können mehrere Sequenzen enthalten. Readseq ist besonders
nützlich, weil es automatisch viele Sequenzformate erkennt und zwischen
ihnen konvertiert.
</project>
<project name="SeaView"
url="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/seaview";>
Dies ist ein grafischer Editor für den Umgang mit Biosequenzen. SeaView
ist in der Lage, verschiedene Alignment-Formate zu lesen (MSF, CLUSTAL,
FASTA, PHYLIP, MASE, NEXUS). Es ermöglicht einem, das Alignment manuell
zu bearbeiten und außerdem ClustalW auszuführen, um das Alignment
örtlich zu verbessern.
</project>
<project name="TREE-PUZZLE"
url="http://www.tree-puzzle.de/";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/tree-puzzle";>
TREE-PUZZLE (früher PUZZLE) ist ein interaktives textorientiertes
Programm, das einen schnellen Tree-Search-Algorithmus, sogenanntes
»Quartet Puzzling«, implementiert. Es erlaubt die Analyse großer
Datenmengen und trifft automatisch Entscheidungen für die Anordnung
der jeweiligen Verzweigungen. Weiterhin berechnet TREE-PUZZLE mittels
der paarweisen Maximum-Likelihood-Methode Abstände sowie Längen von
Verzweigungen für vom Nutzer definierte Cluster. Die Längen der
Verzweigungen können auch unter der »Clock-Assumption« berechnet
werden. Außerdem bietet TREE-PUZZLE eine neue Methode, das »Likelihood
Mapping«, um die Anordnung einer hypothetischen internen Verzweigung
zu untersuchen ohne den gesamten Cluster zu berechnen, und um den
phylogenetischen Zusammenhang eines Sequenz-Alignments anzuzeigen.
</project>
<project name="Treetool"
url="http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Registered/Option/treetool.html";
license="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/treetool";>
Treetool ist ein interaktives Werkzeug für die Darstellung, Bearbeitung
und den Ausdruck von Stammbäumen. Der Baum wird in verschiedenen
Formaten grafisch auf dem Bildschirm angezeigt und der Benutzer ist in
der Lage, das Format, die Struktur oder die Merkmale des Baumes zu
ändern. Bäume können angesehen, verglichen, oder für den Ausdruck
formatiert werden. Sie können von kleineren Bäumen erstellt werden usw.
</project>
######################################################################
## Available as an inofficial Debian package
######################################################################
<h2>
<a id="inofficial-debs" name="inofficial-debs"></a>
<title-inofficial-debs />
</h2>
<project name="EMBOSS"
url="http://www.emboss.org/";
license="GPL/LGPL"
deb="http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/packages/";>
<p>
<a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a>
(»<em>E</em>uropean <em>M</em>olecular <em>B</em>iology <em>O</em>pen
<em>S</em>oftware <em>S</em>uite«) ist ein neues, freies Open
Source Analyse-Softwarepaket, das speziell auf die Bedürfnisse der
molekularbiologischen (z.B. <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>)
Benutzer-Gemeinde zugeschnitten wurde. Die Software verarbeitet
automatisch eine Vielzahl von Formaten und erlaubt sogar das Beziehen
von Sequenzdaten aus dem Web. Da es auch eine sehr umfangreiche
Bibliothek umfasst, ist es eine Basis, die es anderen Wissenschaftlern
erlaubt, Software im wahrsten Open Source Geist zu entwickeln und zur
Verfügung zu stellen. EMBOSS integriert auch eine Vielzahl derzeit
verfügbarer Pakete und Werkzeuge für die Sequenzanalyse in ein
geschlossenes Ganzes. EMBOSS durchbricht den
<a href="http://www.emboss.org/history.html";>historischen</a>
Trend hin zu kommerzieller Software.
</p>
<p>Die EMBOSS-Suite</p>
<ul>
<li>Bildet eine reichhaltige Sammlung von Sequenzanalyse-Programmen
(etwa 100)</li>
<li>Stellt Basissoftware-Bibliotheken zur Verfügung (AJAX und NUCLEUS)</li>
<li>Integriert andere frei verfügbare Pakete</li>
<li>Unterstützt die Verwendung von EMBOSS im Sequenzanalysetraining</li>
<li>Unterstützt Entwickler anderweitig bei der Nutzung der
EMBOSS-Bibliotheken</li>
<li>Unterstützt alle üblichen Unix-Plattformen einschließlich Linux,
Digital Unix, Irix, Tru64Unix und Solaris</li>
</ul>
<p>
In EMBOSS sind rund 100 Programme (Anwendungen) zu finden. Unter
anderem werden damit auf folgenden Gebieten Lösungen geboten:
</p>
<ul>
<li>Sequence alignment</li>
<li>Schnelle Datenbanksuche mit Sequenzmustern</li>
<li>Proteinmotiv-Identifikation, einschließlich Analyse von Domänen</li>
<li>Nukleotidsequenz-Musteranalyse, z.B. zur Identifikation von
GC-reichen Sequenzen oder Wiederholungen</li>
<li>»Codon-Usage-Analysis« für kleine Genome</li>
<li>Schnelle Erkennung von Sequenzmustern in großen Sequenz-Sets</li>
<li>Präsentationswerkzeuge für die Publikation</li>
<li>... und vielen mehr</li>
</ul>
</project>
<project name="Primer3"
url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html";
license="<free />"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/primer3/";>
<p>
Primer3 wählt Primer für Polymerase-Kettenreaktionen unter
Berücksichtigung folgender Kriterien aus:
</p>
<ul>
<li>Schmelztemperatur, Größe und GC-Gehalt der Oligonukleotide sowie
Möglichkeiten von Primer-Dimeren</li>
<li>Größe des PCR-Produkts</li>
<li>Beschränkungen der Positionierung innerhalb der Ausgangssequenz</li>
<li>Verschiedene andere Beschränkungen</li>
</ul>
<p>
Alle diese Kriterien können vom Benutzer als Bedingungen spezifiziert
werden, und einige können als Term in einer Zielfunktion angegeben
werden, die ein optimales Primerpaar charakterisiert.
</p>
</project>
<project name="SMILE"
url="http://www-igm.univ-mlv.fr/~marsan/smile_english.html";
license="GPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/smile/";>
<p>
SMILE ist ein Werkzeug, das Motiven in einer Gruppe von Sequenzen folgt,
abhängig von einigen Kriterien. Es wurde ursprünglich erstellt, um von
geeigneten Bereichen in DNS-Sequenzen auf Bindungsstellen zu schließen.
Seit der Version 1.4 erlaubt es, Motiven zu folgen, die in irgendeinem
Alphabet (selbst einem degenerierten) in einer beliebigen Art von Sequenz
geschrieben sind.
</p>
<p>
Die Spezialität von SMILE ist es, die Arbeit mit »strukturgebenden
Motiven« zu ermöglichen, was Motive sind, die durch »distance
constraints« verbunden sind.
</p>
</project>
######################################################################
## Not available as a Debian package
######################################################################
<h2>
<a id="debs-not-available" name="debs-not-available"></a>
<title-debs-not-available />
</h2>
<project name="ARB"
url="http://www.arb-home.de/";
license="<non-free />">
Integriertes Paket für biologische Datenverarbeitung und Analyse.
ARB greift auf viele der oben genannten Programme zurück.
</project>
<project name="Bioconductor"
url="http://www.bioconductor.org/";
license="GPL/LGPL">
<p>
Bioconductor ist ein Open Source und Open Development Softwareprojekt
zur Erstellung von Werkzeugen zur Analyse und Interpretation
genetischer Daten (Bioinformatik).
</p>
<p>
Die Kern-Entwickler von Bioconductor befinden sich im Wesentlichen an
der Biostatistischen Abteilung des Dana Farber Cancer Institute an der
Harvard Medical School/Harvard School of Public Health. Andere
Mitarbeiter kommen von verschiedenen US-Amerikanischen und
internationalen Institutionen.
</p>
<p>Die Hauptziele des Projekts sind:</p>
<ul>
<li>Bereitstellen umfangreicher statistischer und graphischer
Methoden zur Analyse genetischer Daten;</li>
<li>Erleichterung der Integration biologischer Metadaten in die
Analyse experimenteller Daten, wie Literaturangaben von PubMed,
Anmerkungen von LocusLink;</li>
<li>Ermöglichen der schnellen Entwicklung von erweiterbarer,
skalierbarer und interoperabler Software;</li>
<li>Förderung von qualitativ hochwertiger Dokumentation und
reproduzierbarer Forschung;</li>
<li>Unterstützung des Trainings von computergestützten statistischen
Methoden zur Analyse genetischer Daten.</li>
</ul>
</project>
<project name="GROMACS"
url="http://www.gromacs.org/";
license="GPL">
<p>
GROMACS ist ein vielseitiges Paket, um molekulare Dynamik darzustellen,
d.h. die Simulation der Newtonschen Gleichungen für Systeme mit
mehreren hundert bis hin zu Millionen Partikeln.
</p>
<p>
Es ist hauptsächlich für biochemische Moleküle wie Proteine und Lipide
entworfen, die viele komplizierte Bindungsinteraktionen besitzen. Da
GROMACS aber extrem schnell bei der Berechnung von Interaktionen ist,
die nicht durch Bindungen bestimmt werden (die aber üblicherweise in
Simulationen vorherrschen), benutzen viele Arbeitsgruppen GROMACS
auch für die Forschung an nicht-biologischen Systemen, z.B. Polymeren.
</p>
<p>
GROMACS unterstützt alle üblichen Algorithmen, die man von einem
modernen Simulator der Molekulardynamik erwartet (siehe
Online-Referenz oder Handbuch für weitere Informationen). Zusätzlich
gibt es einige Merkmale, die GROMACS von der Konkurrenz abheben.
</p>
</project>
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