Hola,
algo que podrias probar es usar el knoppix para ver como detecta linux el sonido y su configuracion.
Las rutinas de auto deteccion y auto configuracion de knoppix son bastante buenas y te pueden dar una pista.
El tema de donde tienes conectadas las clavijas (microfono y altavoz) tambien puede darte pistas. Mirate la documentacion de la placa base si tienes dudas sobre cual es el conector para cada cosa.
Saludos