Lo que sí puedes hacer (digo, en el caso de que tengas que usar la
versión 6) es configurar Java para que te pregunte SIEMPRE si quieres
ejecutar alguna aplicación o clase desde el navegador, independientemente
del dominio.
Lo ideal sería poder seleccionar los dominios a los que quieres meter en
una lista blanca (una zona "separada" para relajar las restricciones de
Java) y para el resto de sitios utilizar una configuración más segura que
impida la carga de los applets, pero esto es lo que no sé si es posible
(acabo de acceder a la configuración de java en un equipo que tengo con
windows y no he visto la forma de hacer esto último).
Será por la configuración por defecto de iceweasel, por lo que supongo
que me saldrán igual en otras Webs que quieran ejecutar algo...
Será porque el certificado no lo reconoce como válido... Olvídate del
navegador, no pinta nada aquí :-). El navegador sólo tiene que encargarse
de saber si Java está habilitado o no y en caso de tenerlo activado,
cargar el JRE, nada más.
Saludos,