A mi me pasa igual, y no me gusta todo así mezclado, pero creo que
he encontrado como hacerlo:
En los botones que hay arriba a la derecha de la ventana de
nautilus, hay uno con una V (o flecha apuntando hacia abajo). Pincha
y elige Ordenar por tipo.
No es igual porque si ordenas por tipo, por ejemplo, es cierto que
aparecen las carpetas al inicio, pero bajo ellas y siempre ordenados por
tipo, aparecerán los archivos rar (todos juntos y en orden alfabético)
los archivos de tipo desconocido, etc. Antes veía las carpetas al
inicio y luego el resto en estricto orden alfabético sin importar el
tipo, es así como me gustaría.