Porque você não cria dois repositórios, um para cada arquivo?
Se você pretende manter a revisão (aka versão) de cada um de forma independente, conceitualmente eles acabam sendo como dois repositórios pequenos. Portanto, na minha opinião, a melhor saída é realmente manter os dois arquivos em repositórios isolados.
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Atenciosamente,
Arthur Furlan
arthur.furlan@gmail.com