Pelo que entendi você não tem a mínima idéia do que pode estar
acontecendo, se é alguém brincando com você ou algum software com
problemas. Nesse caso você vai ter que realizar uma bateria de testes
"tentativa e erro" para colher pistas do que pode estar acontecendo.
- Está usando quota?
Comece do zero, somente no terminal e crie o arquivo com o VI. Se ele
continuar lá, levante o X e repita o processo criando o arquivo via
terminal ainda. Se continuar lá, experimente criar um arquivo com seu
editor e verifique se o arquivo ainda está lá e assim sucessivamente até
o arquivo "sumir".
Desabilite/mate todos os serviços e aplicações que não for usar para os
testes. Depois vá levantando cada um separadamente e simultaneamente vá
verificando se o arquivo continua lá.
Dê uma olhada nos logs do sistema, pois podem haver erros no sistema de
arquivos ou no próprio HD (bad clusters), o syslog seria um começo.
Um "ps ax" poderia lhe ajudar a enxergar se tem algum software em
execução na qual vc desconhece ou nem usa, nesse caso, mate-o e
verifique se o arquivo para de sumir. Desabilitar o SSH também não seria
uma má idéia, durante os testes.
Espero ter ajudado !
[]'s
Maxx