Non, rien de compliqué si toutes les partitions sont montées,
peu importe, sur un disque dur, interne ou externe.
Ça peut donner ceci :
rsync -azv --exclude=/proc --exclude=/sys --exclude=... / /media/sdb1/
(sauvegarde partition racine vers partition disque dur externe montée dans répertoire /media).
ou
rsync -azv --exclude=/proc --exclude=/sys ----exclude=... /media/sda1/ /media/sdb1/
(sauvegarde partition disque externe vers autre partition disque externe, montées dans /media).
Je le fais souvent pour harmoniser des ordinateurs distants avec mon ordinateur principal :
rsync -azv --exclude=... / root@IP-machine-distante:/media/sda1/
(ssh doit être lancé sur la machine distante).