а лично мое мнение - минимальное изменение дефолтной структуры, потому как возможно этот проект придется поддерживать кому-то другому, а записи есть не на все
Что касается места? На фре у меня zfs , на линухе ипользую lvm . Все это без проблем ресайзится, добавляется - убавляется