Gracias Victor, no se me había ocurrido pero en concreto esta aplicación no tiene carpeta dentro .config de mi usuario.
Camaleon, la aplicación sola no iniciaba tampoco, también lo probé. No se me había ocurrido lanzarlo por línea de comandos,
al hacerlo he visto el error, cambié el tema de iconos y por eso fallaba, al poner Oxigen inicia la aplicación sin problemas, de nuevo gracias.
Yo también uso a menudo los ficheros pdf y Okular me parece una muy buena opción por eso uso los dos.
El error en cuestión por si le sirve a alguien:
(evince:14100): Gtk-WARNING **: 12:22:12.507: Error loading theme icon 'image-missing' for stock: Failed to load /home/USUARIO/.local/share/icons/Tela-blue-dark/scalable/apps/image-missing.svg: Error al abrir el archivo /home/USUARIO/.local/share/icons/Tela-blue-dark/scalable/apps/image-missing.svg: Permiso denegado
Para poder usar esos iconos e imágenes que fallaban he cambiado el propietario a mi usuario, solucionado con esos iconos.
Un saludo