Hola,
hicistes la migracion tal y como estaba en el servidor antiguo. ¿Hicistes la migracion como se indicaba en el manual de samba 4?.
Lo que dices de que no puedes loguearte en equipos que ya estaban unidos
me suena a eso, algo ha ido mal en la migracion. Creo que lo mejor es
que empieces por mirarte el manual de samba 4.
Ten en cuenta que no es lo mismo una migracion "menor" (como por ejemplo de 3.0 a 3.1) que una migracion mayor (como por ejemplo de 3.0 a 4.0). Una migracion mayor habitualmente indica cambios de cierta importancia, a veces incluso cambios drasticos que pueden originar errores complicados (como por ejemplo en tu caso) si no se hace todo bien.
Saludos.