Hola,
ains, los PDC.... con lo que gusta tenerlos y lo puñeteros que pueden ser xD
y encima una red con 1000 maquinas, nada menos. Eso no se tiene asi como asi :)
Bueno, asumo que estas migrando con el metodo recomendado oficialmente, ya que si no.... vete a saber.
Por lo que pones.... ¿podria ser que estes intentando optimizar demasiado?. Ten en cuenta que habitualmente existen varios niveles de optimizacion y cuando nos pasamos de la raya pueden salir errores para volverse loco.
En debian podemos optimizar hasta cierto punto, pero tenemos que recordar que debian llega hasta donde llega. Cuando compilas en debian te arriesgas a lo que te arriesgas. A veces puede ser mejor optimizar menos, pero que funcione.
Un saludo.