¿Como puedo solucionar esto? ¿Para poder arrancar windows también?
He tenido hasta hace poco mi pc tal como tu quieres poner el tuyo (hasta que le di la patada a windows ;). Para hacerlo lo mejor es usar Grub en vez de lilo.
Tienes que engañar a windows para que crea que está en el primer disco (la orden concreta creo que es map). Para la instalación de windows, conecta el segundo disco como si fuese el primero. Cuando esté instalado conecta los discos como tu quieras y arranca linux. Luego instala grub y lo configuras para que engañe a windows.