recomendacion sobre disco duro

[<Xabim@ono.com>]

buenas, queria preguntar a ver que me recomendais, resulta que tengo 
dos discos duros, uno de 120 GB y otro de 20 GB, y quiero dejar en uno 
linux y en otro windows98 para que convivan sin pelearse, no es que sea 
experto en linux pero quiero migrar a el mismo, que me recomendais 
sobre las particiones y a quien le doy cada disco duro? no estoy seguro 
de utilizar los 120 GB de linux al máximo pero si quiero dejarme algun 
momento solo linux pues prefiero que se quede estable en el de 120, que 
opinais?

gracias.

PD: no se si esto es un poco offtopic pero necesito alguna recomendacion