Pacotes deb e rpm são uma coisa, apt é outra.
Os pacotes deb são infinitamente mais difíceis de serem criados. Mas o sistema de geração os deixa muito mais consistentes, a ponto de funcionar bem sem o apt. É possível instalar um pacote e suas dependências apenas com dpkg.
rpm é mais simples de se criar, com os SPECs, mas precisa que sua consistência seja mantida pelo empacotador.
Pra compensar as deficiências do rpm, foram adicionados gerenciadores de repositório, que são o yum, zypper e até mesmo o apt-rpm.
No Debian o apt-get veio pra ajudar com os pacotes de forma mais automatizada, pois antes se usava o deselect, que era quase escrever de trás pra frente em klingon um ave-maria em romeno pra conseguir instalar os pacotes necessários.
No estágio que estão ambos atualmente, são todos muito robustos. Pra upgrades maiores, pra mudança grande de versão, IMHO, deb ainda vai melhor. Mas é mais uma questão de gosto que técnica.