Eu fiz duas coisas, uma foi recriar a tal pasta .Trash-1000 com permissões e tal... não deu em nada.
Outra foi seguir as sugestões dessa página:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=2191397 acrescentando as opções "nls=utf8,umask=000,uid=1000,windows_names" à linha da partição no fstab. Isso deu um resultado parcial. Não recebo mais erros; quando teclo Delete, recebo um sinal sonoro de exclamação e nada acontece, quando clico com o botão da direita e em "Mover para lixeira", o arquivo some (e pelo que pude verificar depois, vai para a pasta .Trash-1000).
Foi então que me dei conta de que eu simplesmente não tenho mesmo lixeira em lugar nenhum da interface gráfica. O único jeito de eu acessar a lixeira é explorando a pasta oculta .Trash-1000 de cada partição no HD.
Alguém sabe como trazer minha lixeira "gráfica" de volta (e se possível, fazer com que o Nautilus envie o arquivo para lixeira ao teclar Delete)?