Eu já usei o Truecrypt para formatar o HD inteiro usando o windows. Assim como o Welington falou, embora o Truecrypt também rode no linux, acho mais interessante usar criptografia nativa. Tem algumas informações no guia de instalação do site oficial do debian http://www.debian.org/releases/stable/i386/ch06s03.html.pt#di-partition http://www.debian.org/releases/stable/i386/ch07s02.html.pt