Não tenho certeza, mas acho que você precisa aprender a usar o update-gconf-defaults. Há algum tempo eu precisei dessa funcionalidade, mas como ela não estava no sarge, eu fiz um backport dela, e documentei meu trabalho no seguinte texto:
http://softwarelivre.prefeitura.sp.gov.br/debian/update-gconf-defaults.txtApesar de não estar escrito no texto, parte desse texto é baseada na documentação do update-gconf-defaults.