Renato,
eu sugiro vc dar uma olhada nas man-pages do apt e semelhantes, e ver
em qual diretório ele guarda os arquivos que ele baixa do repositório.
Vai lá, apaga e faz um update de novo, p/ ele pegar tudo. Confere a
data e hora, etc. Aproveita p/ ver se o sources.list está tudo em
ordem tbm...
Pode ter problema de dependencia de algo que já está instalado sim...
pois há um requerimento do numero de versão, e quando isso acontece, é
sinal de que a mistura de repositórios causou indigestão (seja de
reps. oficiais + não oficiais, seja entre os oficiais - stable,
testing, etc)
Sugiro agir com bastante cautela p/ não piorar a situação.