Na verdade o Mutt segue a filosofia Unix: cada ferramenta deve fazer uma
coisa, e fazê-la bem. A tarefa do Mutt é ler e-mails. Isso ele faz muito
bem. A tarefa de pegar e-mails de servidores diferentes, com vários
protocolos diferentes, implementações incompatíveis, e depositá-los na sua
caixa de e-mail, é delegada a outro programa, que também é capaz de fazê-la
muito bem: no caso do Linux e outros sistemas tipo *nix, o fetchmail.
O fetchmail inclusive tem uma ferramenta gráfica de configuração para seus
servidores POP2/POP3/IMAP, o fetchmailconf.
Debian:
apt-get install fetchmail fetchmailconf
Para fazer a triagem de e-mails existe ainda outra ferramenta, o procmail,
que serve para filtrar mensagens e colocá-las em diferentes caixas de
e-mail (por exemplo, mensagens da DUP vão para uma caixa, mensagens da
linux-kernel vão para outra caixa, e mensagens pessoais vão para a caixa
principal, além de filtrar spam.
Talvez você esteja procurando no lugar errado para configurar o recebimento
dos seus e-mails. O mutt tem suporte (limitado) a pop3, mas com ele você
só pode usar uma conta de e-mail, e não poderá separar suas mensagens por
assunto ou por lista de e-mail.