Поставил дебиан, после установки команда
aptitude search '~i!~M'
выводит кучу пакетов, а не должна т.к. руками ещё ничего не ставил, то
что ставиться при установке это немного другое, нужно то что юзер ставил
явно вызывая команду установки
Это не "другое". У пакета либо есть флаг "Auto-Installed", либо его
нету (/var/lib/apt/extended_states). Во время установки пакеты ставятся
"по списку", поэтому они все считаются установленными вручную. Если
очень хочется, то можно установить этот флаг на все установленные
пакеты из секции "libs".