Я использую synaptic в основном в качестве просмотрщика. Сведения о пакетах, их описание, источники, зависимости. С его помощью устанавливаю достаточно редко. Aptitude более дотошен в плане неиспользуемых пакетов.
Пользуюсь synaptic пока никаких сюрпризов мне он не предподносил :))) Планирую использовать дальше наряду с apt-get :))))