Пользуюсь с выхода сарджа, таких проблем не наблюдал. А с apt у меня накапливается тьма-тьмущая неиспользуемых пакетов, ибо после удаления основного пакета зависимости не удаляются. Я ставил много ГИС-софта, так после его удаления сотни метров ненужных зависимостей апт оставлял. aptitude зависимости, которые никем более не используются, умеет находить и удаляет.