Ищется утилитка, которая может посчитать, суммарную нагрузку, которую
дает каждый скрипт. Что то типа - запустили, подождали час, и мне сказали:
скрипт a.cgi запусков 1000 сожрал cpu 70% от общих затрат,
скрипт b.cgi запусков 300 сожрал cpu 5% от общих затрат,
mysql - запусков нет сожрал 20% от cpu
exim ....
bind ....
ну и так далее.
Ну если ничего лучшего не найдёте, можете попробовать пропарсить выдачу
lastcomm (apt-get install acct) - там как минимум доступно время работы
каждого процесса. Хотя чтобы различить между различными скриптами,
выполняемыми одним интерпретатором и под одним пользователем, придётся
что-нибудь придумать.