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[RFR3] wml://devel/debian-med/microbio.wml



Le Sat, May 12, 2007 at 11:23:33AM +0200, Stephane Blondon a écrit :
> Le 12/05/07, Charles Plessy<charles-debian-nospam@plessy.org> a écrit :
> >
> >En attendant, voici une nouvelle mise à jour de microbio.wml,
> 
> 
> Quelques corrections.

Merci beaucoup, je les ait toutes intégrées.

Voici la nouvelle rustine.

Bonne soirée,

-- 
Charles
--- microbio.wml	2007-04-19 22:55:43.000000000 +0900
+++ microbio.wml.nouveau	2007-05-12 23:54:40.000000000 +0900
@@ -1,6 +1,6 @@
 <define-tag pagetitle>Debian-Med&nbsp;: Biologie moléculaire et génétique</define-tag>
 
-#use wml::debian::translation-check translation="1.67" maintainer="Charles Plessy"
+#use wml::debian::translation-check translation="1.72" maintainer="Charles Plessy"
 #use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med"
 
 #$Id: microbio.wml,v 1.14 2007/04/07 19:22:53 spaillar Exp $
@@ -14,6 +14,18 @@
   <title-official-debs />
 </h2>
 
+<project name="Amap"
+  url="http://bio.math.berkeley.edu/amap/";
+  license="Public Domain"
+  deb="http://packages.debian.org/unstable/science/amap-align";>
+  AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
+  multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et
+  l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode
+  traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le
+  contrôle de la sensibilité et de la spécificité.  Il est basé sur le code
+  source de ProbCons, mais utilise une métrique de précision et élimine la
+  transformation de cohérence.
+</project>
 
 <project name="ARB"
   url="http://www.arb-home.de/";
@@ -326,6 +338,22 @@
 </project>
 
 
+<project name="Melting"
+  url="http://www.ebi.ac.uk/~lenov/meltinghome.html";
+  licese="GPL"
+  deb="http://packages.debian.org/unstable/science/melting";>
+  Calcule l'enthalpie, l'entropie et la température de fusion pour
+  l'appariement de deux oligonucléotides. Trois types d'hybridations sont
+  possibles: ADN/ADN, ADN/ARN et ARN/ARN. Ce programme calcule d'abord
+  l'enthalpie et l'entropie d'hybridation à partir des paramètres élémentaires
+  de chaque appariement Watson-Crick par la méthode des plus proches voisins. La
+  température de fusion est ensuite calculée. Les paramètres thermodynamiques
+  peuvent facilement être changés pour rester proches des résultats
+  expérimentaux les plus récents. Il existe une interface graphique pour
+  melting, fournie par le paquet metling-gui.
+</project>
+
+
 <project name="MOLPHY"
   url="http://ftp.cse.sc.edu/bioinformatics/molphy/";
   license="<non-free />"
@@ -357,6 +385,24 @@
   </ul>
 </project>
 
+<project name="MUMmer"
+  url="http://mummer.sourceforge.net/";
+  license="Licence artistique"
+  deb="http://packages.debian.org/unstable/science/mummer";>
+  MUMmer a été conçu pour aligner rapidement des génomes entiers, bruts ou
+  finis. Par exemple, MUMmer&nbsp;3.0 peut trouver toutes les régions
+  identiques sur plus de 20 paires de bases entre deux génomes de 5 mégabases
+  en 13,7 secondes, sur un ordinateur tournant à 2.4&nbsp;GHz en utilisant
+  78&nbsp;Mo de mémoire.  MUMmer peut aussi aligner des génomes
+  incomplets&nbsp;; il manipule les centaines ou les milliers de contigs d'un
+  projet de séquençage «&nbsp;shotgun&nbsp;» avec aisance, et les alignera sur
+  un autre génome ou une autre collection de contigs en utilisant le programme
+  NUCmer, inclus dans le système. Si les génomes proviennent d'espèces trop
+  différentes pour que des similarités soient détectées au niveau
+  nucléotidique, le programme PROmer générera des alignements basés sur la
+  traduction des six phases de lectures de chaque génome.
+</projet>
+
 <project name="Muscle"
   url="http://www.drive5.com/muscle/";
   license="Public Domain"
@@ -407,6 +453,40 @@
 </project>
 
 
+<project name="POA"
+  url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/";
+  license="GPL"
+  deb="http://packages.debian.org/unstable/science/poa";>
+  POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (<q>Partial Order Aligment</q>
+  en anglais). C'est un programme rapide d'alignement multiple de séquences. Ses
+  points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son
+  aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement.
+</project>
+
+
+<project name="Primer3"
+  url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html";
+  license="<free />"
+  deb="http://packages.debian.org/unstable/science/primer3/";>
+  <p>
+    Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en chaîne,
+    avec les critères suivants&nbsp;:
+  </p>
+  <ul>
+    <li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur
+        contenu en GC et la possibilité de former des dimères&nbsp;;</li>
+    <li>la taille du produit de PCR&nbsp;;</li>
+    <li>les contraintes positionnelles dans la séquence source&nbsp;;</li>
+    <li>diverses autres contraintes.</li>
+  </ul>
+  <p>
+    Tous ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes
+    par l'utilisateur, et certains sont spécifiables comme les termes
+    d'une fonction objective qui caractérise une paire idéale d'amorces.
+  </p>
+</project>
+
+
 <project name="ProbCons"
   url="http://probcons.stanford.edu/";
   license="Public domain"
@@ -424,6 +504,18 @@
 </project>
 
 
+<project name="ProDA"
+  url="http://proda.stanford.edu/";
+  license="Public domain"
+  deb="http://packages.debian.org/unstable/science/proda";>
+  ProDA est un programme pour détecter et aligner les régions homologues dans
+  des collections de protéines comportant divers arrangements de domaines. À
+  partir d'un ensemble de séquences non alignées, ProDA identifiera toutes les
+  régions homologues apparaissant dans une ou plusieurs séquences, et renverra
+  une collection d'alignements multiples locaux pour chacune d'entre elles.
+</project>
+
+
 <project name="PyMOL"
   url="http://pymol.sourceforge.net/";
   license="<free />"
@@ -517,6 +609,7 @@
   améliorer l'alignement localement.
 </project>
 
+
 <project name="SIBsim4"
   url="http://sibsim4.sourceforge.net/";
   license="<free />"
@@ -534,6 +627,23 @@
 </project>
 
 
+<project name="Sigma"
+  url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/";
+  license="GPL"
+  deb="http://packages.debian.org/unstable/science/sigma-align";>
+  Sigma (simple alignement multiple glouton, <q>SImple Greedy Multiple
+  Alignment</q> en anglais) est un programme contenant un nouvel algorithme
+  et un nouveau système d'évaluation conçu tout particulièrement pour les
+  séquences non-codantes. Sigma utilise comme stratégie la recherche du
+  meilleur alignement local possible sans indel (stratégie utilisée auparavant
+  par DiAlign), calculant à chaque étape le meilleur alignement possible qui
+  soit cohérent avec les alignements existants, puis évalue la pertinence du
+  l'alignement à partir de la longueur des fragments alignés et d'un modèle de
+  bruit pouvant être fourni ou estimé à partir d'un fichier auxiliaire
+  contenant des séquences intergéniques.
+</project>
+
+
 <project name="T-Coffee"
   url="http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cnotred/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html";
   license="GPL"
@@ -641,7 +751,7 @@
 	fournir l'accès à un grand nombre de méthodes statistiques et graphiques
 	puissantes, pour l'analyse de données génomiques&nbsp;;</li>
     <li>
-	faciliter l'intégration des métadonnées biologiques dans l'analyse des
+	faciliter l'intégration des méta-données biologiques dans l'analyse des
 	données expérimentales, par exemple données sur la littérature provenant
 	de PubMed, annotations provenant de LocusLink&nbsp;;
     </li>
@@ -766,28 +876,6 @@
    CDT venant de puces à ADN.
 </project>
 
-<project name="Primer3"
-  url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html";
-  license="<free />"
-  deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/primer3/";>
-  <p>
-    Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en chaîne,
-    avec les critères suivants&nbsp;:
-  </p>
-  <ul>
-    <li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur
-        contenu en GC et la possibilité de former des dimères&nbsp;;</li>
-    <li>la taille du produit de PCR&nbsp;;</li>
-    <li>les contraintes positionnelles dans la séquence source&nbsp;;</li>
-    <li>diverses autres contraintes.</li>
-  </ul>
-  <p>
-    Tous ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes
-    par l'utilisateur, et certains sont spécifiables comme les termes
-    d'une fonction objective qui caractérise une paire idéale d'amorces.
-  </p>
-</project>
-
 
 <project name="SMILE"
   url="http://www-igm.univ-mlv.fr/~marsan/smile_english.html";
@@ -833,19 +921,20 @@
 </h2>
 
 
-<project name="Amap"
-  url="http://bio.math.berkeley.edu/amap/";
-  license="Public Domain">
-  AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
-  multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et
-  l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode
-  traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le
-  contrôle de la sensibilité et de la spécificité.  Il est basé sur le code
-  source de ProbCons, mais utilise une métrique de précision et élimine la
-  transformation de cohérence.
+<project name="BALLView"
+  url="http://www.ballview.org/";
+  license="LGPL">
+  BALLView est visualisateur pour les structure biomoléculaires. Il fournit
+  tous les modèles standards et propose de riches fonctionnalités pour la
+  modélisation moléculaire et la simulation, comme les méthodes de mécanique
+  moléculaire (champs de force AMBER et CHARMM), les méthodes électrostatiques
+  continues employant un solveur de Boltzmann-Poisson pour différences finies,
+  ou le calcul de structures secondaires. Comme BALLView est basé sur la
+  bibliothèque BALL (<q lang=en>Biochemical ALgorithms Library</q>), il est
+  aisément extensible au niveau de son code en C++ et a une interface Python
+  pour un prototypage interactif rapide.
 </project>
 
-
 <project name="Cactus"
   url="http://www.cactuscode.org/Community/Biology.html";
   license="GPL">
@@ -896,6 +985,14 @@
 </project>
 
 
+<project name="Molekel"
+  url="http://bioinformatics.org/molekel/wiki/Main/HomePage";
+  license="GPL">
+  Molekel est un visualisateur moléculaire multi-plateforme et libre (GPL)
+  développé au Centre Suisse de Calcul Scientifique (CSCS).
+</project>
+
+
 <project name="PFTOOLS / Prosite Scan"
   url="ftp://us.expasy.org/databases/prosite/tools/ps_scan/sources";
   license="GPL">
@@ -906,16 +1003,6 @@
 </project>
 
 
-<project name="POA"
-  url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/";
-  license="GPL">
-  POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (<q>Partial Order Aligment</q>
-  en anglais). C'est un programme rapide d'alignement multiple de séquences. Ses
-  points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son
-  aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement.
-</project>
-
-
 <project name="ProAlign"
   url="http://evol-linux1.ulb.ac.be/ueg/ProAlign/";
   license="GPL">
@@ -926,22 +1013,6 @@
 </project>
 
 
-<project name="Sigma"
-  url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/";
-  license="GPL">
-  Sigma (simple alignement multiple glouton, <q>SImple Greedy Multiple
-  Alignment</q> en anglais), est un programme contenant un nouvel algorithme
-  et un nouveau système d'évaluation conçu tout particulièrement pour les
-  séquences non-codantes. Sigma utilise comme stratégie la recherche du
-  meilleur alignement local possible sans indel (stratégie utilisée auparavant
-  par DiAlign), calculant à chaque étape le meilleur alignement possible qui
-  soit cohérent avec les alignements existants, puis évalue la pertinence du
-  l'alignement à partir de la longueur des fragments alignés et d'un modèle de
-  bruit pouvant être fourni ou estimé à partir d'un fichier auxiliaire
-  contenant des séquences intergéniques.
-</project>
-
-
 <project name="Staden"
   url="http://staden.sourceforge.net/"; license="BSD">
   Staden est un ensemble complet d'outils d'assemblage (Gap4), d'édition et

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