[RFR2] wml://devel/debian-med/microbio.wml
Bonjour tout le monde,
Un changement m'aurait-il échappé ? Il me semblait que les patches
étaient intégrés dès le premier [RFR], or j'en ai quatre en attente et
rien ne se passe... Faut-il que je passe les plus anciens en [DONE] ?
En attendant, voici une nouvelle mise à jour de microbio.wml, se
référant à des changements qui ne vont pas tardés à arriver dans la
version anglaise. Le texte original de la description de Melting se
trouve aussi su la page du paquet:
http://packages.debian.org/unstable/science/melting
Bonne journée,
--
Charles Plessy
Wako, Saitama, Japon
--- microbio.wml 2007-04-19 22:55:43.000000000 +0900
+++ microbio.wml.nouveau 2007-05-12 15:35:28.000000000 +0900
@@ -1,6 +1,6 @@
<define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie moléculaire et génétique</define-tag>
-#use wml::debian::translation-check translation="1.67" maintainer="Charles Plessy"
+#use wml::debian::translation-check translation="1.72" maintainer="Charles Plessy"
#use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med"
#$Id: microbio.wml,v 1.14 2007/04/07 19:22:53 spaillar Exp $
@@ -14,6 +14,18 @@
<title-official-debs />
</h2>
+<project name="Amap"
+ url="http://bio.math.berkeley.edu/amap/";
+ license="Public Domain"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/amap-align";>
+ AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
+ multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et
+ l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode
+ traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le
+ contrôle de la sensibilité et de la spécificité. Il est basé sur le code
+ source de ProbCons, mais utilise une métrique de précision et élimine la
+ transformation de cohérence.
+</project>
<project name="ARB"
url="http://www.arb-home.de/";
@@ -326,6 +338,22 @@
</project>
+<project name="Melting"
+ url="http://www.ebi.ac.uk/~lenov/meltinghome.html";
+ licese="GPL"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/melting";>
+ Calcule l'enthalpie, l'entropie et la température de fusion pour
+ l'appariement de deux oligonucléotides. Trois types d'hybridations sont
+ possibles: ADN/ADN, ADN/ARN et ARN/ARN. Ce programme calcule d'abords
+ l'enthalpie et l'entropie d'hybridation à partir des paramètres élémentaires
+ de chaque apariement Watson-Crick par la méthode des plus proches voisins. La
+ température de fusion est ensuite calculée. Les paramètres thermodynamiques
+ peuvent facilement être changés pour rester proches des résultats
+ expérimentaux les plus récents. Il existe une interface graphique pour
+ melting, fournie par le paquet metling-gui.
+</project>
+
+
<project name="MOLPHY"
url="http://ftp.cse.sc.edu/bioinformatics/molphy/";
license="<non-free />"
@@ -357,6 +385,24 @@
</ul>
</project>
+<project name="MUMmer"
+ url="http://mummer.sourceforge.net/";
+ license="Licence artistique"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/mummer";>
+ MUMmer a été conçu pour aligner rapidement des génomes entiers, bruts ou
+ finis. Par exemple, MUMmer 3.0 peut trouver toutes les régions
+ identiques sur plus de 20 paires de bases entre deux génomes de 5 mégabases
+ en 13.7 secondes, sur un ordinateur tournant à 2.4 GHz en utilisant
+ 78 Mo de mémoire. MUMmer peut aussi aligner des génomes
+ incomplets ; il manipule les centaines ou les milliers de contigs d'un
+ projet de séquençage « shotgun » avec aisance, et les alignera sur
+ un autre génome ou une autre collection de contigs en utilisant le programme
+ NUCmer, inclus dans le système. Si les génomes proviennent d'espèces trop
+ différentes pour que des similarités soient détectées au niveau
+ nucléotidique, le programme PROmer générera des alignements basés sur la
+ traduction des six phases de lectures de chaque génome.
+</projet>
+
<project name="Muscle"
url="http://www.drive5.com/muscle/";
license="Public Domain"
@@ -407,6 +453,40 @@
</project>
+<project name="POA"
+ url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/";
+ license="GPL"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/poa";>
+ POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (<q>Partial Order Aligment</q>
+ en anglais). C'est un programme rapide d'alignement multiple de séquences. Ses
+ points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son
+ aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement.
+</project>
+
+
+<project name="Primer3"
+ url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html";
+ license="<free />"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/primer3/";>
+ <p>
+ Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en chaîne,
+ avec les critères suivants :
+ </p>
+ <ul>
+ <li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur
+ contenu en GC et la possibilité de former des dimères ;</li>
+ <li>la taille du produit de PCR ;</li>
+ <li>les contraintes positionnelles dans la séquence source ;</li>
+ <li>diverses autres contraintes.</li>
+ </ul>
+ <p>
+ Tous ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes
+ par l'utilisateur, et certains sont spécifiables comme les termes
+ d'une fonction objective qui caractérise une paire idéale d'amorces.
+ </p>
+</project>
+
+
<project name="ProbCons"
url="http://probcons.stanford.edu/";
license="Public domain"
@@ -424,6 +504,18 @@
</project>
+<project name="ProDA"
+ url="http://proda.stanford.edu/";
+ license="Public domain"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/proda";>
+ ProDA est un programme pour détecter et aligner les régions homologues dans
+ des collections de protéines comportant divers arrangements de domaines. À
+ partir d'un ensemble de séquences non alignées, ProDA identifiera toutes les
+ régions homologues apparaissant dans une ou plusieurs séquences, et renverra
+ une collection d'alignements multiples locaux pour chacune d'entre elles.
+</project>
+
+
<project name="PyMOL"
url="http://pymol.sourceforge.net/";
license="<free />"
@@ -517,6 +609,7 @@
améliorer l'alignement localement.
</project>
+
<project name="SIBsim4"
url="http://sibsim4.sourceforge.net/";
license="<free />"
@@ -534,6 +627,23 @@
</project>
+<project name="Sigma"
+ url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/";
+ license="GPL"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/sigma-align";>
+ Sigma (simple alignement multiple glouton, <q>SImple Greedy Multiple
+ Alignment</q> en anglais), est un programme contenant un nouvel algorithme
+ et un nouveau système d'évaluation conçu tout particulièrement pour les
+ séquences non-codantes. Sigma utilise comme stratégie la recherche du
+ meilleur alignement local possible sans indel (stratégie utilisée auparavant
+ par DiAlign), calculant à chaque étape le meilleur alignement possible qui
+ soit cohérent avec les alignements existants, puis évalue la pertinence du
+ l'alignement à partir de la longueur des fragments alignés et d'un modèle de
+ bruit pouvant être fourni ou estimé à partir d'un fichier auxiliaire
+ contenant des séquences intergéniques.
+</project>
+
+
<project name="T-Coffee"
url="http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cnotred/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html";
license="GPL"
@@ -641,7 +751,7 @@
fournir l'accès à un grand nombre de méthodes statistiques et graphiques
puissantes, pour l'analyse de données génomiques ;</li>
<li>
- faciliter l'intégration des métadonnées biologiques dans l'analyse des
+ faciliter l'intégration des méta-données biologiques dans l'analyse des
données expérimentales, par exemple données sur la littérature provenant
de PubMed, annotations provenant de LocusLink ;
</li>
@@ -766,28 +876,6 @@
CDT venant de puces à ADN.
</project>
-<project name="Primer3"
- url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html";
- license="<free />"
- deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/primer3/";>
- <p>
- Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en chaîne,
- avec les critères suivants :
- </p>
- <ul>
- <li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur
- contenu en GC et la possibilité de former des dimères ;</li>
- <li>la taille du produit de PCR ;</li>
- <li>les contraintes positionnelles dans la séquence source ;</li>
- <li>diverses autres contraintes.</li>
- </ul>
- <p>
- Tous ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes
- par l'utilisateur, et certains sont spécifiables comme les termes
- d'une fonction objective qui caractérise une paire idéale d'amorces.
- </p>
-</project>
-
<project name="SMILE"
url="http://www-igm.univ-mlv.fr/~marsan/smile_english.html";
@@ -833,19 +921,20 @@
</h2>
-<project name="Amap"
- url="http://bio.math.berkeley.edu/amap/";
- license="Public Domain">
- AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
- multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et
- l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode
- traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le
- contrôle de la sensibilité et de la spécificité. Il est basé sur le code
- source de ProbCons, mais utilise une métrique de précision et élimine la
- transformation de cohérence.
+<project name="BALLView"
+ url="http://www.ballview.org/";
+ license="LGPL">
+ BALLView est visualisateur pour les structure biomoléculaires. Il fournit
+ tous les modèles standards et propose de riches fonctionnalités pour la
+ modélisation moléculaire et la simulation, comme les méthodes de mécanique
+ moléculaire (champs de force AMBER et CHARMM), les méthodes électrostatiques
+ continues employant un solveur de Boltzmann-Poisson pour différences finies,
+ ou le calcul de structures secondaires. Comme BALLView est basé sur la
+ bibliothèque BALL (<q lang=en>Biochemical ALgorithms Library</q>), il est
+ aisément extensible au niveau de son code en C++ et a une interface Python
+ pour un prototypage interactif rapide.
</project>
-
<project name="Cactus"
url="http://www.cactuscode.org/Community/Biology.html";
license="GPL">
@@ -896,6 +985,14 @@
</project>
+<project name="Molekel"
+ url="http://bioinformatics.org/molekel/wiki/Main/HomePage";
+ license="GPL">
+ Molekel est un visualisateur moléculaire multi-plateforme et libre (GPL)
+ développé au Centre Suisse se de Calcul Scientifique (CSCS).
+</project>
+
+
<project name="PFTOOLS / Prosite Scan"
url="ftp://us.expasy.org/databases/prosite/tools/ps_scan/sources";
license="GPL">
@@ -906,16 +1003,6 @@
</project>
-<project name="POA"
- url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/";
- license="GPL">
- POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (<q>Partial Order Aligment</q>
- en anglais). C'est un programme rapide d'alignement multiple de séquences. Ses
- points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son
- aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement.
-</project>
-
-
<project name="ProAlign"
url="http://evol-linux1.ulb.ac.be/ueg/ProAlign/";
license="GPL">
@@ -926,22 +1013,6 @@
</project>
-<project name="Sigma"
- url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/";
- license="GPL">
- Sigma (simple alignement multiple glouton, <q>SImple Greedy Multiple
- Alignment</q> en anglais), est un programme contenant un nouvel algorithme
- et un nouveau système d'évaluation conçu tout particulièrement pour les
- séquences non-codantes. Sigma utilise comme stratégie la recherche du
- meilleur alignement local possible sans indel (stratégie utilisée auparavant
- par DiAlign), calculant à chaque étape le meilleur alignement possible qui
- soit cohérent avec les alignements existants, puis évalue la pertinence du
- l'alignement à partir de la longueur des fragments alignés et d'un modèle de
- bruit pouvant être fourni ou estimé à partir d'un fichier auxiliaire
- contenant des séquences intergéniques.
-</project>
-
-
<project name="Staden"
url="http://staden.sourceforge.net/"; license="BSD">
Staden est un ensemble complet d'outils d'assemblage (Gap4), d'édition et
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