Dato che questo problema ti si sta ripresentando da parecchie mail, senza un'apparente via d'uscita, forse non sarebbe più opportuno l'uso di una macchina virtuale con una configurazione simile a quella di uno dei tanti suggerimenti che ti hanno dato, giusto per verificare che non ci sia un qualcosa di insondabile, evanescente e soprattutto errato nell'ambiente che stai usando e che pare comportarsi in un modo tanto bizzarro e diverso da quello riscontrato da altrettanti utenti Debian?
Direi che se riesci a ricreare le condizioni al contorno di uno dei molti consigli che ti hanno passato, almeno parti da un punto fermo: sai che le cose che ti dicono non sono tanto bizzarre ma che forse in un ambiente pulito, guarda un po', funzionano.
Pensa che l'avvio di uno script da ambiente grafico (Nautilus) è una cosa così comune che ha me è capitato di avviare per sbaglio un file di testo in cui mi ero annotato dei comandi i quali dopo il loro (s)fortuito avvio hanno fatto tanti di quei casini che me lo ricordo ancora.
Sono questi i bei momenti in cui fai tuoi il lavoro.