Comprueba que tienes también éste "xserver-xorg-input-libinput" y
recuerda reiniciar la sesión así como eliminar el archivo de
configuración que has creado ;-)
# aptitude search xserver-xorg-input-libinput
i A xserver-xorg-input-libinput - X.Org X server -- libinput input driver
Y sí, a cualquier cambio que aplico le sigo con un reiniciado de sesión, y también probé eliminando el archivo que había creado en /etc/X11/xorg.conf.d/ Con esto último, el resultado es como muestra la imagen adjunta. Como verás, todo lo que suene lógico, está hecho. Evidentemente hay algo más por ahí. Incluso hice un:
egrep -iR VertTwoFingerScroll /
por si pillaba algo por ahí, nada :-( Lo bueno es que con la configuración en /etc puedo volver a la configuración antigua. Algo es algo.