[LCFC] wml://www.debian.org/devel/debian-med/microbio.wml
On Sun, Oct 02, 2005 at 06:43:39PM +0200, Thomas Huriaux wrote :
> Charles Plessy <charles-debian-nospam@plessy.org> (01/10/2005):
> > On Tue, Sep 27, 2005 at 12:25:35AM +0900, Charles Plessy wrote :
> > > Voici donc la nouvelle mouture, mise à jour à la version 1.55.
> >
> > Pas de réaction ? Dois-je passer en LCFC ?
>
> Hop. Après ceci, tu pourras surement passer au LCFC (c'est plus a toi de
> juger du moment qui convient pour passer de rfrN a lcfc).
Allons donc pour le LCFC, et merci pour la rustine. J'ai tout accepté,
j'ai rendu leur majuscule de début de phrase à fastDNAml et ps_scan, et
j'ai rajouté une ligne #$Id:$ dans l'en-tête, parce que c'est déjà la
foire sur mon disque dur...
Maintenant que j'ai sué sang et eau sur la traduction de descriptions de
paquets contenues dans la page (c'était, comment dire...
« intéressant »), comment faire pour les ajouter aux traductions lues
par dselect et compagnie ? J'ai vu dans un message passé il y a peu
qu'il existe un fichier qui les rassemble toutes, dans un format assez
simple. Suffirait-il que je les formate, et que je les envoie au
propriétaire du fichier ?
--
Charles
<define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie mol�laire et g�tique</define-tag>
#use wml::debian::translation-check translation="1.55" maintainer="Charles Plessy"
#use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med"
#$Id:$
######################################################################
## Available as an official Debian package
######################################################################
<h2>
<a id="official-debs" name="official-debs"></a>
<title-official-debs />
</h2>
<project name="ARB"
url="http://www.arb-home.de/";
license="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/arb";>
La suite logicielle ARB contient divers outils graphiques pour la
manipulation de banques de donn� de s�ences et l'analyse de donn�. Une
banque de donn� centrale d'alignements et tout type de donn�
suppl�ntaires sont structur� selon des crit�s phylog�tiques ou
d�nis par l'utilisateur.
</project>
<project name="BioPerl"
url="http://www.bioperl.org/";
license="Licence Perl Artistic"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/bioperl";>
Le projet Bioperl a pour but de rassembler des m�odes utilis� en routine
en bio-informatique dans un ensemble de modules Perl de type CPAN, bien
document�et disponibles librement.
</project>
<project name="BioPython"
url="http://www.biopython.org/";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/python/python-biopython";>
<p>
Le projet Biopython est une association internationale de programmeurs
d'outils libres en Python pour la bio-informatique.
</p>
<p>
C'est une collaboration d�ntralis�pour �ire des biblioth�es
en Python et des programmes qui r�ndent aux besoins pr�nts
et futurs en bio-informatique.
</p>
</project>
<project name="BLAST2"
url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/blast2";>
Le c�bre programme d'alignement de s�ences. Ceci est la version
� officielle � num� 2 du NCBI. Le programme
blastall accepte en entr�une s�ence nucl�idique ou prot�ue,
la compare au contenu de banques de donn�, et renvoie �'utilisateur
un r�m�es appariements.
</project>
<project name="Boxshade"
url="http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html";
license="Domaine public"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/boxshade";>
Boxshade lit un alignement de s�ences (par exemple depuis ClustalW) et
produit des fichiers qui peuvent �e lus par des logiciels de traitements de
texte (TeX avec xfig, Word et OpenOffice avec RTF). Le format PostScript est
aussi disponible.
</project>
<project name="Bugsx"
url="http://linux.tucows.com/preview/9082.html";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/math/bugsx";>
<p>
Faites �luer des biomorphes avec des algorithmes g�tiques.
</p>
<p>
Bugsx est un programme qui affiche des biomorphes bas�sur des
repr�ntations de s�es de Fourier des fonctions sinus et cosinus,
et qui vous permet de les manipuler �otre guise gr� �es
algorithmes g�tiques.
</p>
</project>
<project name="ClustalW"
url="ftp://ftp.pasteur.fr/pub/GenSoft/unix/alignment/ClustalW/";
license="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/clustalw";>
Ce programme interactif en mode console permet l'alignement multiple de
s�ences nucl�idiques ou prot�ues. Il reconna�le format d'entr�ainsi
que le type de s�ence (acide nucl�ues ou acide amin�. Il produit un
alignement dans diff�nts formats comme le format <a
href="#phylip">PHYLIP</a>.
</project>
<project name="e-PCR"
url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi";
license="Public Domain"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/ncbi-epcr";>
Permet de tester la pr�nce de s�ences uniques d'ADN (STS, <i>sequence tagged
sites</i>) dans une s�ence g�mique. e-PCR fonctionne en recherchant des
sous-s�ences tr�similaires �es amorces de PCR et correctement
ordonn�, orient� et espac�, de mani� �e qu'il soit vraisemblable
que l'on puisse obtenir un produit de PCR d'une taille coh�nte (Schuler,
Genome Research 7:541-50, 1997).
</project>
<project name="fastDNAml"
url="http://geta.life.uiuc.edu/~gary/programs/fastDNAml.html";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/fastdnaml";>
FastDNAml est un programme d�v�e la version 3.3 de DNAML �ite par
Joseph Felsenstein (dans le cadre de sa suite PHYLIP). Les utilisateurs
devraient consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce programme.
FastDNAml est une tentative de r�udre le m� probl� que DNAML, mais plus
vite et en utilisant moins de m�ire, de mani� �e que des grands arbres
et/ou un grand nombre de replicas � bootstrap � soient possibles. La
principale modification de fastDNAml par rapport �NAML 3.3 de PHYLIP est
d'avoir � port�e PASCAL au C.
</project>
<project name="Fastlink"
url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBResearch/Schaffer/fastlink.html";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/fastlink";>
Fastlink est beaucoup plus rapide que Linkage, dont il d�ve, mais
ne propose pas toutes ses fonctions.
</project>
<project name="Garlic"
url="http://garlic.mefos.hr/garlic/index.html";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/testing/science/garlic";>
<p>
Garlic a � �it pour l'analyse des prot�es membranaires. Il permet
aussi de visualiser les autres prot�es, ainsi que d'autres objets
g��iques. Cette version de Garlic reconna�le format PDB version 2.1.
Garlic peut aussi �e utilis�our analyser des s�ences prot�ues.
</p>
<p>
Parmi ses fonctions :
</p>
<ul>
<li>
la position et l'�isseur de la tranche sont visibles dans une
petite fen�e ;
</li>
<li>
les liaisons atomiques et les atomes sont trait�comme des
objets ind�ndants pour l'affichage ;
</li>
<li>
la couleur des atomes et des liaisons d�nd de leur position.
Cinq modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
</li>
<li>
il est capable de repr�nter des images st�ographiques ;
</li>
<li>
il est capable de repr�nter d'autres objets g��iques, comme
une membrane ;
</li>
<li>
l'information sur un atome est disponible en d�a�t le pointeur de
la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de d�acer
le pointeur au-dessus !
</li>
<li>
il est capable de charger plus d'une structure ;
</li>
<li>
il est capable de repr�nter les diagrammes de Ramachandran, les roues
h�cales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicit� et les moments hydrophobes ;
</li>
<li>
l'invite de commande est disponible au bas de la fen�e principale.
Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent �e affich�
</li>
</ul>
</project>
<project name="Glimmer"
url="http://www.tigr.org/software/glimmer/";
license="Artistic"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/tigr-glimmer";>
<p>
Mis au point par le TIGR, ce programme d�cte les s�ences codantes chez
les bact�es et les arch�.
</p>
<p>
Glimmer est un syst� pour d�uvrir des g�s dans l'ADN microbien, en
particulier dans les g�mes de bact�es et d'arch�. Glimmer
(<em>G</em>ene <em>L</em>ocator and <em>I</em>nterpolated <em>M</em>arkov
<em>M</em>odel<em>er</em>) utilise les mod�s de Markov interpol�(IMM)
pour identifier les s�ences codantes et les distinguer de l'ADN non
codant.
</p>
</project>
<project name="HMMER"
url="http://hmmer.wustl.edu/";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/hmmer";>
Hmmer est une suite logicielle qui utilise des profils de mod�s
de Markov cach�(profils HMM) pour mod�ser la structure consensus
primaire d'une famille de s�ences prot�ues ou nucl�idiques.
</project>
<project name="Loki"
url="http://loki.homeunix.net/";
license="Modified BSD"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/loki";>
Op� une analyse de liaison multipoint par une m�ode utilisant des cha�s
de Markov Monte Carlo (MCMC) sur des g�alogies complexes et de grande
taille. Pour le moment, le paquet ne propose que l'analyse de caract�s
quantitatifs, mais cette restriction sera lev�dans une version future.
L'estimation combin�du nombre de QTLs (<i>Quantitative Trait Loci</i>), de leur
position et de leurs effets est faite par un saut r�rsible MCMC (RJMCMC).
Il est aussi possible de faire des analyses de type � affected only IBD
sharing �.
</project>
<project name="MOLPHY"
url="http://ftp.cse.sc.edu/bioinformatics/molphy/";
license="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/molphy";>
<p>
ProtML est l'un des principaux programmes dans MOLPHY pour la production
d'arbres phylog�tiques de s�ence PROT�ues par la m�ode du maximum de
vraisemblance (<i>Maximum Likelihood</i>, ML). Parmi les autres programmes
(�its en C) :
</p>
<ul>
<li>NucML : inf�nce d'arbre phylog�tiques de s�ences nucl�idiques par la m�ode du maximum de vraisemblance ;</li>
<li>ProtST : quelques chiffres �ropos d'une s�ence prot�ue ;</li>
<li>NucST : quelques chiffres �ropos d'une s�ence nucl�idique ;</li>
<li>NJdist : Phylog�e <em>neighbor joining</em> �artir d'une matrice de distances.</li>
</ul>
<p>
Utilitaires �its en Perl :
</p>
<ul>
<li>mollist : r�p� une liste d'identifiants ;</li>
<li>molcat : concat� deux s�ences ;</li>
<li>molmerge : fusionne deux s�ences ;</li>
<li>rminsdel : enl� les insertions et les d�tions ;</li>
<li>molinfo : r�p� les sites variants ;</li>
<li>inl2mol : Interleaved -> MOLPHY ;</li>
<li>mol2phy : MOLPHY -> Sequential ;</li>
<li>must2mol : MUST -> MOLPHY etc.</li>
</ul>
</project>
<project name="NJplot"
url="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/njplot";>
NJplot trace des arbres phylog�tiques exprim�dans un format standard
(comme par exemple le format utilis�ans le paquet Phylip). NJplot est
particuli�ment utile pour enraciner les arbres sans tronc g�r�par des
m�odes de construction telles que la parcimonie, la distance ou la
vraisemblance maximale.
</project>
<project name="PHYLIP"
url="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html";
license="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/misc/phylip";>
PHYLIP (le Paquet pour l'Inf�nce PHYlog�tique) est un ensemble de
programmes pour inf�r des phylogen�s (dendrogrammes) �artir de
s�ences. Les m�odes incluses sont la parcimonie, la matrice de distance,
et la vraisemblance, ainsi que le boostrap et les arbres consensus. Les
types de donn� accept�sont les s�ences mol�laires, les fr�ences de
g�s, les sites de restriction, les matrices de distance et les caract�s
discrets 0/1.
</project>
<project name="PyMOL"
url="http://pymol.sourceforge.net/";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/pymol";>
PyMOL est un syst� de repr�ntation graphique incluant un interpr�ur
python. Il a � d�lopp�our la visualisation en temps r� et la
g�ration rapide d'images et d'animations de haute qualit�Il est
modifiable et disponible librement pour tous, sous licence
� python �. Bien que relativement r�nt, PyMOL peut
�e utilis�our produire des images ahurissantes avec une facilit�amais
atteinte auparavant. Il peut aussi effectuer d'autres t�es utiles, comme
�ter un fichier au format PDB, pour vous aider dans vos recherches.
</project>
<project name="R/qtl"
url="http://www.biostat.jhsph.edu/~kbroman/qtl/index.html";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/math/r-cran-qtl";>
<p>
R/qtl est un environnement interactif et extensible pour localiser des
locus de caract�s quantitatifs (QTLs en anglais) par des croisements. Il
est disponible comme un paquet optionnel de la plate-forme statistique R
(voir <url http://www.r-project.org/ />). Les utilisateurs pourront
b�ficier d'une int�ation sans effort des logiciels de localisation de
QTLs dans un programme g�raliste d'analyse statistique.
</p>
<p>
La version actuelle de R/qtl inclut des outils pour l'estimation de cartes
g�tiques, l'identification d'erreurs de g�typage, la recherche de QTLs
simples par balayage du g�me et la recherche de QTLs doubles par
balayage bidimentionnel du g�me, par localisation d'intervalles (avec un
algorithme EM), r�ession d'Haley-Knott et imputation multiple. Tout ceci
peut �e fait en pr�nce de covariants (comme le sexe, l'� ou le
traitement). L'ajustement de mod�s de QTLs d'ordre plus �v�era
impl�nt�ient�ainsi que des techniques sophistiqu� de comparaison
et de recherche de mod�s.
</p>
</project>
<project name="RasMol"
url="http://www.umass.edu/microbio/rasmol/";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/rasmol";>
<p>
RasMol est un programme de repr�ntation graphique cr�pour la
visualisation de prot�es, d'acides nucl�ues et de petites mol�les.
Ce programme vise �fficher, enseigner et g�rer des images de haute
qualit�our la publication.
</p>
<p>
Les formats de fichiers reconnus actuellement sont entre autres celui de la
banque de donn� de prot�es de Brookhaven (PDB), Alchemy et Sybil Mol2
de Tripos, Mol de Molecular Design Limited (MDL) et XMol XYZ et CHARm du
centre de calcul du Minesota (MSC).
</p>
<p>
La mol�le charg�peut �e repr�nt�sous forme de fil de fer, de
cylindres attach�par des b�ns (<i>dreiding</i>), de tra�es de carbones
alphas, de sph�s remplissant l'espace, de rubans macromol�laires
(solides �'ombre liss�ou tresses parall�s), de liaisons hydrog�s et
de surfaces de points.
</p>
<p>
Malheureusement, RasMol n'est plus d�lopp�our Linux, mais seulement
pour Windows et Macintosh. Si vous voulez apporter votre aide, elle sera
grandement appr��
</p>
</project>
<project name="Readseq"
url="ftp://ftp.bio.indiana.edu/molbio/readseq/version1";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/readseq";>
Lit et �it des s�ences nucl�ues et prot�ues dans divers formats. Les
fichiers de donn� peuvent contenir plusieurs s�ences. Readseq est
particuli�ment utile parce qu'il d�cte automatiquement les formats et
peut les convertir.
</project>
<project name="SeaView"
url="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html";
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/seaview";>
Un �teur graphique de s�ences. Seaview peut lire divers formats
d'alignements (MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, NEXUS). Il permet
d'�ter manuellement l'alignement, et aussi d'ex�ter ClustalW pour
am�orer l'alignement localement.
</project>
<project name="T-Coffee"
url="http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cnotred/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/t-coffee";>
T-Coffee est un programme d'alignement multiple de s�ences. �partir d'un
ensemble de s�ences (prot�es ou ADN), T-Coffee g�re un alignement
multiple. Les versions 2.00 et sup�eures peuvent m�nger les s�ences et
les structures.
</project>
<project name="TeXtopo"
url="http://homepages.uni-tuebingen.de/beitz/tte.html";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/textopo";>
TeXtopo est un ensemble de macros pour LaTeX2e qui fournit
deux nouveaux environnements :
<ul>
<li>
L'environnement � textopo � est utilis�our
repr�nter les donn� sur la topologie des prot�es membranaires
d�v� de pr�ctions PHD, de la base de donn� SwissProt, ou de donn�
entr� manuellement, contenant l'information sur la s�ence et les
domaines transmembranaires.
</li>
<li>
L'environnement � helical wheel � dessine des
domaines transmembranaires vus d'un c�ou de l'autre de la membrane
cellulaire.
</li>
</ul>
</project>
<project name="TREE-PUZZLE"
url="http://www.tree-puzzle.de/";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/tree-puzzle";>
TREE-PUZZLE (le nouveau nom de PUZZLE) est une console interactive qui
impl�nte un algorithme rapide de recherche d'arbre, le � quartet
puzzling �, qui permet l'analyse de donn� volumineuses et qui
assigne �haque branche un estimateur de confiance. TREE-PUZZLE calcule
aussi des distances paire �aire par vraisemblance maximale, ainsi que la
taille des branches pour des arbres sp�fi�par l'utilisateur. La taille
des branches peut aussi �e calcul�sous l'hypoth� de l'horloge
mol�laire. De plus, TREE-PUZZLE propose une nouvelle m�ode, le
� likelihood mapping �, pour tester la valeur d'une
branche interne sans calculer un arbre entier et pour visualiser le contenu
phylog�tique d'un alignement de s�ences.
</project>
<project name="Treetool"
url="http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Registered/Option/treetool.html";
license="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/treetool";>
Treetool est un outil interactif d'affichage, d'�tion et d'impression
d'arbres phylog�tiques. Les arbres sont affich��'�an dans divers
formats, et l'utilisateur peut modifier leurs format, structure et
caract�stiques. Les arbres peuvent �e visualis� compar� pr�r�pour
l'impression, construit �artir d'arbres plus petits, etc.
</project>
######################################################################
## Available as an inofficial Debian package
######################################################################
<h2>
<a id="inofficial-debs" name="inofficial-debs"></a>
<title-inofficial-debs />
</h2>
<project name="Bioconductor"
url="http://www.bioconductor.org/";
license="GPL/LGPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/bioconductor/";>
<p>
Bioconductor est un logiciel libre ��loppement ouvert, pour fournir des
outils pour l'analyse et la compr�nsion de donn� g�miques
(bio-informatiques).
</p>
<p>
Le cœur de l'�ipe de Bioconductor est principalement bas� l'unit� de Biostatistiques de l'Institut Dana Farber de recherche sur le cancer,
de l'�le de m�cine de Harvard / �le de sant�ublique de Harvard. D'autres
membres viennent de diverses institutions �suniennes et internationales.
</p>
<p>Les objectifs g�raux du projet sont de :</p>
<ul>
<li>
fournir l'acc��n grand nombre de m�odes statistiques et graphiques
puissantes, pour l'analyse de donn� g�miques ;</li>
<li>
faciliter l'int�ation des m�donn� biologiques dans l'analyse des
donn� exp�mentales, par exemple donn� sur la litt�ture provenant
de PubMed, annotations provenant de LocusLink ;
</li>
<li>
permettre le d�loppement de logiciels extensibles, �elonnables et
interop�bles ;
</li>
<li>
promouvoir une documentation de qualit�t une recherche
reproductible ;
</li>
<li>
permettre l'apprentissage des m�odes informatiques et statistiques
pour l'analyse des donn� g�miques.
</li>
</ul>
</project>
<project name="BioMart"
url="http://www.ebi.ac.uk/biomart/";
license="GPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/martj/";>
BioMart est un syst� d'int�ation des donn�, simple et distribu�avec de
puissantes possibilit�d'interrogation. Le mod� de donn� de BioMart a �
appliqu�ux sources suivantes : les prot�es UniProt, la base de donn�
de structures macromol�laires (MSD), Ensembl, Vega et dbSNP.
</project>
<project name="Cluster3"
url="http://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htm#ctv";
license="<non-free />"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/cluster3/";>
Cluster3.0 est une version perfectionn�de Cluster, originellement
�it par Michael Eisen lorsqu'il �it �'universit�e Stanford.
La principale am�oration est l'algorithme des k-means, qui inclut
maintenant plusieurs essais pour trouver la meilleure agr�tion. Ceci
est crucial pour que l'algorithme des k-means soit fiable. La routine pour
les cartes auto-organis� (SOM) a � augment�pour inclure les g��ies
rectangulaires bidimensionnelles. La distance euclidienne et la distance
de Manhattan ont � ajout� aux mesures de similarit�� disponibles.
</project>
<project name="EMBOSS"
url="http://www.emboss.org/";
license="GPL/LGPL"
deb="http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/packages/";>
<p>
<a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> (� <em>E</em>uropean
<em>M</em>olecular <em>B</em>iology <em>O</em>pen <em>S</em>oftware
<em>S</em>uite �) est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse
de s�ences sp�alement �its pour les besoins des biologistes mol�laires
(comme chez <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>). Les logiciels
se d�ouillent avec des donn� dans divers formats et permettent m� de
t�charger des s�ences depuis la Toile de mani� transparente. De plus,
comme ce paquet est livr�vec des biblioth�es tr�fournies, c'est aussi
une plate-forme permettant �'autre scientifiques d'�ire et produire
des logiciels dans le v�table esprit du libre. EMBOSS int�e aussi dans
un ensemble coh�nt des logiciels et des outils disponibles autrement.
EMBOSS brise la tendance historique vers la marchandisation des logiciels
d'analyse de s�ence.
</p>
<p>La suite EMBOSS</p>
<ul>
<li>
fournit un ensemble complet de programmes d'analyse
de s�ence (une centaine) ;
</li>
<li>fournit des biblioth�es, AJAX et NUCLEUS ;</li>
<li>int�e des paquets disponibles ind�ndamment ;</li>
<li>encourage l'utilisation d'EMBOSS pour l'enseignement de l'analyse de s�ence ;</li>
<li>encourage les d�loppeurs �tiliser les biblioth�es EMBOSS ailleurs ;</li>
<li>fonctionne sur toutes les plates-formes Unix classiques, comme Linux,
Digital Unix, Irix, Tru64Unix et Solaris.</li>
</ul>
<p>
Avec EMBOSS, vous trouverez plus de cent programmes, couvrant les
domaines suivants :
</p>
<ul>
<li>l'alignement de s�ence ;</li>
<li>l'interrogation rapide de banques de donn� avec des patrons de s�ence ;</li>
<li>l'identification de motifs prot�ues et l'analyse de domaines ;</li>
<li>l'analyse de motifs de s�ences nucl�idiques, par exemple pour identifier
des �ts CpG ou des r�titions ;</li>
<li>l'analyse de l'utilisation des codons dans les petits g�mes ;</li>
<li>l'identification rapide de motifs dans des grands ensembles de s�ences ;</li>
<li>des outils pour pr�nter les r�ltats en vue d'une publication ;</li>
<li>et bien plus...</li>
</ul>
</project>
<project name="Jmol"
url="http://jmol.sourceforge.net/";
license="LGPL"
deb="http://debian.wgdd.de/debian/dists/unstable/contrib/binary-all/science/";>
Jmol est un visualisateur de mol�les libre, pour les �diants, les enseignants
et les chercheurs en chimie et biochimie. Il fonctionne sur plusieurs plates-formes,
comme Windows, Max OS X et les syst�s Linux/Unix.
<ul>
<li>JmolApplet est une applet pour navigateur web qui peut �e
ins�e dans des pages web.</li>
<li>L'application Jmol est une application Java ind�ndante qui
est ex�t�localement.</li>
<li>JmolVieweer est une bo� �utils de d�loppement qui peut
�e int��dans d'autres applications Java.</li>
</ul>
</project>
<project name="Java TreeView"
url="http://jtreeview.sourceforge.net/";
license="GPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/treeview/";>
Java TreeView est un visualisateur modulaire pour donn� au format PCL ou
CDT venant de puces �DN.
</project>
<project name="PerlPrimer"
url="http://perlprimer.sourceforge.net/";
license="GPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/perlprimer/";>
PerlPrimer est une application graphique libre �ite en Perl pour
choisir des amorces pour des PCR standard, �isulfite, en temps r�
et pour le s�en�e. Son but est d'automatiser et de simplifier
le proc� de choix des amorces.
</project>
<project name="Primer3"
url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html";
license="<free />"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/primer3/";>
<p>
Primer3 choisit des amorces pour des r�tions de polym�sation en cha�,
avec les crit�s suivants :
</p>
<ul>
<li>la temp�ture de fusion des oligonucl�ides, leur taille, leur
contenu en GC et la possibilit�e former des dim�s ;</li>
<li>la taille du produit de PCR ;</li>
<li>les contraintes positionelles dans la s�ence source ;</li>
<li>diverses autres contraintes.</li>
</ul>
<p>
Tous ces crit�s peuvent �es sp�fi�comme des contraintes
par l'utilisateur, et certains sont sp�fiables comme les termes
d'une fonction objective qui caract�se une paire id�e d'amorces.
</p>
</project>
<project name="SMILE"
url="http://www-igm.univ-mlv.fr/~marsan/smile_english.html";
license="GPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/smile/";>
<p>
SMILE est un outil qui inf� des motifs dans un ensemble de s�ences,
d'apr�certains crit�s. Il a d'abord � cr�pour inf�r des sites
remarquables comme les sites de fixation sur une s�ence d'ADN. �partir de
la version 1.4, il permet d'inf�r des motifs �its dans tout alphabet,
m� d�n�, pour tout type de s�ences.
</p>
<p>
La sp�ficit�e SMILE est de permettre de manipuler ce que l'on
appelle des � motifs structur�nbsp;�, qui sont des
motifs associ�par des contraintes de distance.
</p>
</project>
<project name="TeXshade"
url="http://homepages.uni-tuebingen.de/beitz/txe.html";
license="GPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/texshade/";>
TeXshade est un programme d'ombrage d'alignement �it en TeX/LaTeX qui
peut prendre en charge des alignements multiples de s�ences aux formats
.MSF ou .ALN. Il fournit en plus des algorithmes d'ombrage classiques d'autres
modes mettant en valeurs des aspects fonctionnels, comme l'hydopathie,
et une multitude de commandes pour contr� la couleur, les styles, les
annotations, les l�ndes, et permet m� �'utilisateur de d�nir
des nouveaux modes d'ombrage. TeXshade combine la plus haute flexibilit� et la qualit�'impression de TeX, pour un investissement en temps raisonnable.
</project>
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## Not available as a Debian package
######################################################################
<h2>
<a id="debs-not-available" name="debs-not-available"></a>
<title-debs-not-available />
</h2>
<project name="Cactus"
url="http://www.cactuscode.org/Community/Biology.html";
license="GPL">
<p>
Cactus est un environnement libre de r�lution de probl�s cr� pour les chercheurs et les ing�eurs. Sa structure modulaire permet
d'effectuer facilement du calcul parall� avec plusieurs architectures
et permet aussi le d�loppement collaboratif de programmes par plusieurs
groupes.
</p>
<p>
Cactus fournit un acc�simple �eaucoup de programmes �a pointe du
progr�d�lopp�par la communaut�cad�que, comme la bo� �utils
Globus Metacomputing, le syst� d'entr�sortie parall� de fichiers
HDF5, la biblioth�e PETSc, le d�lage adaptatif d'enchev�ements
(� adaptive mesh refinement �), des interfaces web
et des outils avanc�pour la visualisation.
</p>
</project>
<project name="Genographer"
url="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/";
license="GPL">
<p>
Ce programme lit les donn� depuis un s�enceur ABI 3700, 3100, 377 ou
373, un CEQ 2000, ou un SCF, et les reconstruit sous forme d'une image de
gel qui est redress�et redimensionn� Des bo�s peuvent facilement �e
d�nies et visualis� comme des vignettes, ce qui donne un moyen assez
rapide et facile d'�luer un gel.
</p>
<p>
Ce programme est �it en Java et utilise l'API 1.3. Ainsi, il
devrait fonctionner sur toute machine pouvant ex�ter Java.
</p>
</project>
<project name="GROMACS"
url="http://www.gromacs.org/";
license="GPL">
<p>
GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique mol�laire,
comme la simulation d'�ations newtoniennes du mouvement de syst�s de
millions de particules.
</p>
<p>
Il a � cr�en premier lieu pour les mol�les biochimiques comme
les prot�es et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes
compliqu�, mais comme GROMACS est extr�ment rapide pour calculer les
interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup
de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des syst�s non
biologiques, comme les polym�s.
</p>
<p>
GROMACS propose tous les algorithmes que vous attendez habituellement
d'une impl�ntation de dynamique mol�laire moderne (voyez le guide de
r�rence en ligne ou le manuel pour plus de d�ils), mais il y a aussi
quelques fonctions qui le distinguent de ses comp�teurs.
</p>
</project>
<project name="PFTOOLS / Prosite Scan"
url="ftp://us.expasy.org/databases/prosite/tools/ps_scan/sources";
license="GPL">
Ps_scan est un programme perl utilis�our rechercher un ou plusieurs motifs,
r�es et/ou profils de PROSITE dans une ou plusieurs s�ences prot�ues au
format Swiss-Prot ou FASTA. Il a besoin de deux programmes binaires de
la bo� �utils PFTOOLS, qui sont aussi livr�avec les sources.
</project>
<project name="TM-align"
url="http://www.bioinformatics.buffalo.edu/new_buffalo/people/zhang6/TM-align";
license="<free />">
TM-align est un programme d'alignement structural qui compare deux prot�es
de s�ences diff�ntes. TM-align va d'abord rechercher les r�dus les plus
�ivalents dans les deux prot�es, d'apr�la similarit�e leurs
structures, puis ensuite produit un score � TM �.
</project>
<project name="TreeView"
url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/";
license="GPL">
Treeview X est un programme pour afficher des arbres phylog�tiques sur
des plates-formes Linux et Unix. Il peut lire et afficher des arbres aux formats
NEXUS et Newick (typiquement produits par PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE,
et d'autres programmes).
</project>
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