Charles Plessy <charles-debian-nospam@plessy.org> (01/10/2005): > On Tue, Sep 27, 2005 at 12:25:35AM +0900, Charles Plessy wrote : > > Voici donc la nouvelle mouture, mise à jour à la version 1.55. > > Pas de réaction ? Dois-je passer en LCFC ? Hop. Après ceci, tu pourras surement passer au LCFC (c'est plus a toi de juger du moment qui convient pour passer de rfrN a lcfc). -- Thomas Huriaux
Index: microbio.wml
===================================================================
RCS file: /cvs/webwml/webwml/french/devel/debian-med/microbio.wml,v
retrieving revision 1.2
diff -u -r1.2 microbio.wml
--- microbio.wml 26 Sep 2005 15:39:15 -0000 1.2
+++ microbio.wml 2 Oct 2005 16:40:23 -0000
@@ -27,7 +27,7 @@
<project name="BioPerl"
url="http://www.bioperl.org/";
- license="Perl Artistic License"
+ license="Licence Perl Artistic"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/bioperl";>
Le projet Bioperl a pour but de rassembler des méthodes utilisées en routine
en bio-informatique dans un ensemble de modules Perl de type CPAN, bien
@@ -56,7 +56,7 @@
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/blast2";>
Le célèbre programme d'alignement de séquences. Ceci est la version
- « officielle » numéro 2 du NCBI. Le programme
+ « officielle » numéro 2 du NCBI. Le programme
blastall accepte en entrée une séquence nucléotidique ou protéique,
la compare au contenu de banques de données, et renvoie à l'utilisateur
un résumé des appariements.
@@ -65,9 +65,9 @@
<project name="Boxshade"
url="http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html";
- license="Public Domain"
+ license="Domaine public"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/boxshade";>
- Boxshade lit un alignement de séquence (par exemple depuis ClustalW) et
+ Boxshade lit un alignement de séquences (par exemple depuis ClustalW) et
produit des fichiers qui peuvent être lus par des logiciels de traitements de
texte (TeX avec xfig, Word et OpenOffice avec RTF). Le format PostScript est
aussi disponible.
@@ -106,8 +106,8 @@
url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi";
license="Public Domain"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/ncbi-epcr";>
- Permet de tester la présence de séquences uniques d'ADN (STS, sequence tagged
- sites) dans une séquence génomique. e-PCR fonctionne en recherchant des
+ Permet de tester la présence de séquences uniques d'ADN (STS, <i>sequence tagged
+ sites</i>) dans une séquence génomique. e-PCR fonctionne en recherchant des
sous-séquences très similaires à des amorces de PCR et correctement
ordonnées, orientées et espacées, de manière à ce qu'il soit vraisemblable
que l'on puisse obtenir un produit de PCR d'une taille cohérente (Schuler,
@@ -124,8 +124,8 @@
devraient consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce programme.
fastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que DNAML, mais plus
vite et en utilisant moins de mémoire, de manière à ce que des grands arbres
- et/ou un grand nombre de replicas « bootstrap » soient possibles. La
- principale modification de fastDNAml par rapport à DNAML 3.3 de PHYLIP est
+ et/ou un grand nombre de replicas « bootstrap » soient possibles. La
+ principale modification de fastDNAml par rapport à DNAML 3.3 de PHYLIP est
d'avoir été porté de PASCAL au C.
</project>
@@ -154,48 +154,48 @@
</p>
<ul>
<li>
- La position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une
- petite fenêtre.
+ la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une
+ petite fenêtre ;
</li>
<li>
- Les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des
- objets indépendants pour l'affichage.
+ les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des
+ objets indépendants pour l'affichage ;
</li>
<li>
- La couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position.
- Cinq modes sont disponibles (comme pour la tranche).
+ la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position.
+ Cinq modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
</li>
<li>
- Capable de représenter des images stéréographiques.
+ il est capable de représenter des images stéréographiques ;
</li>
<li>
- Capable de représenter d'autres objets géométriques, comme
- une membrane.
+ il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme
+ une membrane ;
</li>
<li>
- L'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
- la souris au-dessus de lui. Pas besoin de clic, il faut juste déplacer
+ l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
+ la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer
le pointeur au-dessus !
</li>
<li>
- Capable de charger plus d'une structure.
+ il est capable de charger plus d'une structure ;
</li>
<li>
- Capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
+ il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
hélicales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité,
- et les moments hydrophobes.
+ et les moments hydrophobes ;
</li>
<li>
- L'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
+ l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés.
</li>
</ul>
@@ -239,7 +239,7 @@
de Markov Monte Carlo (MCMC) sur des généalogies complexes et de grande
taille. Pour le moment, le paquet ne propose que l'analyse de caractères
quantitatifs, mais cette restriction sera levée dans une version future.
- L'estimation combinée du nombre de QTLs (Quantitative Trait Loci), de leur
+ L'estimation combinée du nombre de QTLs (<i>Quantitative Trait Loci</i>), de leur
position et de leurs effets est faite par un saut réversible MCMC (RJMCMC).
Il est aussi possible de faire des analyses de type « affected only IBD
sharing ».
@@ -253,27 +253,27 @@
<p>
ProtML est l'un des principaux programmes dans MOLPHY pour la production
d'arbres phylogénétiques de séquence PROTéiques par la méthode du maximum de
- vraisemblance (Maximum Likelihood, ML). Parmi les autres programmes
+ vraisemblance (<i>Maximum Likelihood</i>, ML). Parmi les autres programmes
(écrits en C) :
</p>
<ul>
- <li>NucML : Inférence d'arbre phylogénétiques de séquences nucléotidiques par la méthode du maximum de vraisemblance.</li>
- <li>ProtST : Quelques chiffres à propos d'une séquence protéique.</li>
- <li>NucST : Quelques chiffres à propos d'une séquence nucléotidique.</li>
+ <li>NucML : inférence d'arbre phylogénétiques de séquences nucléotidiques par la méthode du maximum de vraisemblance ;</li>
+ <li>ProtST : quelques chiffres à propos d'une séquence protéique ;</li>
+ <li>NucST : quelques chiffres à propos d'une séquence nucléotidique ;</li>
<li>NJdist : Phylogénie <em>neighbor joining</em> à partir d'une matrice de distances.</li>
</ul>
<p>
Utilitaires écrits en Perl :
</p>
<ul>
- <li>mollist : récupère une liste d'identifiants.</li>
- <li>molcat : concatène deux séquences.</li>
- <li>molmerge : fusionne deux séquences.</li>
- <li>rminsdel : enlève les insertions et les délétions.</li>
- <li>molinfo : récupère les sites variants.</li>
- <li>inl2mol : Interleaved -> MOLPHY</li>
- <li>mol2phy : MOLPHY -> Sequential</li>
- <li>must2mol : MUST -> MOLPHY etc.</li>
+ <li>mollist : récupère une liste d'identifiants ;</li>
+ <li>molcat : concatène deux séquences ;</li>
+ <li>molmerge : fusionne deux séquences ;</li>
+ <li>rminsdel : enlève les insertions et les délétions ;</li>
+ <li>molinfo : récupère les sites variants ;</li>
+ <li>inl2mol : Interleaved -> MOLPHY ;</li>
+ <li>mol2phy : MOLPHY -> Sequential ;</li>
+ <li>must2mol : MUST -> MOLPHY etc.</li>
</ul>
</project>
@@ -313,7 +313,7 @@
python. Il a été développé pour la visualisation en temps réel et la
génération rapide d'images et d'animations de haute qualité. Il est
modifiable et disponible librement pour tous, sous licence
- « python ». Bien que relativement récent, PyMOL peut
+ « python ». Bien que relativement récent, PyMOL peut
être utilisé pour produire des images ahurissantes avec une facilité jamais
atteinte auparavant. Il peut aussi effectuer d'autres tâches utiles, comme
éditer un fichier au format PDB, pour vous aider dans vos recherches.
@@ -364,7 +364,7 @@
</p>
<p>
La molécule chargée peut être représentée sous forme de fil de fer, de
- cylindres attachés par des bâtons (dreiding), de traçages de carbones
+ cylindres attachés par des bâtons (<i>dreiding</i>), de traçages de carbones
alphas, de sphères remplissant l'espace, de rubans macromoléculaires
(solides à l'ombre lissée ou tresses parallèles), de liaisons hydrogènes et
de surfaces de points.
@@ -418,7 +418,7 @@
deux nouveaux environnements :
<ul>
<li>
- L'environnement « textopo » est utilisé pour
+ L'environnement « textopo » est utilisé pour
représenter les données sur la topologie des protéines membranaires
dérivées de prédictions PHD, de la base de données SwissProt, ou de données
entrées manuellement, contenant l'information sur la séquence et les
@@ -426,7 +426,7 @@
</li>
<li>
- L'environnement « helical wheel » dessine des
+ L'environnement « helical wheel » dessine des
domaines transmembranaires vus d'un côté ou de l'autre de la membrane
cellulaire.
</li>
@@ -439,14 +439,14 @@
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/tree-puzzle";>
TREE-PUZZLE (le nouveau nom de PUZZLE) est une console interactive qui
- implémente un algorithme rapide de recherche d'arbre, le « quartet
- puzzling », qui permet l'analyse de données volumineuses et qui
+ implémente un algorithme rapide de recherche d'arbre, le « quartet
+ puzzling », qui permet l'analyse de données volumineuses et qui
assigne à chaque branche un estimateur de confiance. TREE-PUZZLE calcule
aussi des distances paire à paire par vraisemblance maximale, ainsi que la
taille des branches pour des arbres spécifiés par l'utilisateur. La taille
des branches peut aussi être calculée sous l'hypothèse de l'horloge
moléculaire. De plus, TREE-PUZZLE propose une nouvelle méthode, le
- « likelihood mapping », pour tester la valeur d'une
+ « likelihood mapping », pour tester la valeur d'une
branche interne sans calculer un arbre entier et pour visualiser le contenu
phylogénétique d'un alignement de séquences.
</project>
@@ -485,7 +485,7 @@
</p>
<p>
Le cœur de l'équipe de Bioconductor est principalement basé à l'unité
- de Biostatistiques de l'Institut Dana Farber de recherche sur le Cancer,
+ de Biostatistiques de l'Institut Dana Farber de recherche sur le cancer,
de l'école de médecine de Harvard / école de santé publique de Harvard. D'autres
membres viennent de diverses institutions étasuniennes et internationales.
</p>
@@ -501,7 +501,7 @@
</li>
<li>
permettre le développement de logiciels extensibles, échelonnables et
- inter-opérables ;
+ interopérables ;
</li>
<li>
promouvoir une documentation de qualité et une recherche
@@ -532,11 +532,11 @@
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/cluster3/";>
Cluster3.0 est une version perfectionnée de Cluster, originellement
écrit par Michael Eisen lorsqu'il était à l'université de Stanford.
- La principale amélioration est l'algorithme des k-moyennes, qui inclut
+ La principale amélioration est l'algorithme des k-means, qui inclut
maintenant plusieurs essais pour trouver la meilleure agrégation. Ceci
- est crucial pour que l'algorithme des k-moyennes soit fiable. La routine pour
+ est crucial pour que l'algorithme des k-means soit fiable. La routine pour
les cartes auto-organisées (SOM) a été augmentée pour inclure les géométries
- rectangulaires bidimentionnelles. La distance euclidienne et la distance
+ rectangulaires bidimensionnelles. La distance euclidienne et la distance
de Manhattan ont été ajoutées aux mesures de similarité déjà disponibles.
</project>
@@ -547,16 +547,16 @@
deb="http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/packages/";>
<p>
- <a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> ("<em>E</em>uropean
+ <a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> (« <em>E</em>uropean
<em>M</em>olecular <em>B</em>iology <em>O</em>pen <em>S</em>oftware
- <em>S</em>uite") est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse
- de séquence spécialement écrits pour les besoins des biologistes moléculaires
+ <em>S</em>uite ») est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse
+ de séquences spécialement écrits pour les besoins des biologistes moléculaires
(comme chez <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>). Les logiciels
se débrouillent avec des données dans divers formats et permettent même de
télécharger des séquences depuis la Toile de manière transparente. De plus,
comme ce paquet est livré avec des bibliothèques très fournies, c'est aussi
une plate-forme permettant à d'autre scientifiques d'écrire et produire
- des logiciels dans le véritable esprit du Libre. EMBOSS intègre aussi dans
+ des logiciels dans le véritable esprit du libre. EMBOSS intègre aussi dans
un ensemble cohérent des logiciels et des outils disponibles autrement.
EMBOSS brise la tendance historique vers la marchandisation des logiciels
d'analyse de séquence.
@@ -564,14 +564,14 @@
<p>La suite EMBOSS</p>
<ul>
<li>
- Fournit un ensemble complet de programmes d'analyse
- de séquence (une centaine).
+ fournit un ensemble complet de programmes d'analyse
+ de séquence (une centaine) ;
</li>
- <li>Fournit des bibliothèques, AJAX et NUCLEUS.</li>
- <li>Intègre des paquets disponibles indépendamment.</li>
- <li>Encourage l'utilisation d'EMBOSS pour l'enseignement de l'analyse de séquence.</li>
- <li>Encourage les développeurs à utiliser les bibliothèques EMBOSS ailleurs.</li>
- <li>Fonctionne sur toutes les plates-formes Unix classiques, comme Linux,
+ <li>fournit des bibliothèques, AJAX et NUCLEUS ;</li>
+ <li>intègre des paquets disponibles indépendamment ;</li>
+ <li>encourage l'utilisation d'EMBOSS pour l'enseignement de l'analyse de séquence ;</li>
+ <li>encourage les développeurs à utiliser les bibliothèques EMBOSS ailleurs ;</li>
+ <li>fonctionne sur toutes les plates-formes Unix classiques, comme Linux,
Digital Unix, Irix, Tru64Unix et Solaris.</li>
</ul>
<p>
@@ -579,15 +579,15 @@
domaines suivants :
</p>
<ul>
- <li>L'alignement de séquence.</li>
- <li>L'interrogation rapide de banques de données avec des patrons de séquence.</li>
- <li>L'identification de motifs protéiques et l'analyse de domaines.</li>
- <li>L'analyse de motifs de séquences nucléotidiques, par exemple pour identifier
- des îlots CpG ou des répétitions.</li>
- <li>L'analyse de l'utilisation des codons dans les petits génomes.</li>
- <li>L'identification rapide de motifs dans des grands ensembles de séquences.</li>
- <li>Des outils pour présenter les résultats en vue d'une publication.</li>
- <li>Et bien plus...</li>
+ <li>l'alignement de séquence ;</li>
+ <li>l'interrogation rapide de banques de données avec des patrons de séquence ;</li>
+ <li>l'identification de motifs protéiques et l'analyse de domaines ;</li>
+ <li>l'analyse de motifs de séquences nucléotidiques, par exemple pour identifier
+ des îlots CpG ou des répétitions ;</li>
+ <li>l'analyse de l'utilisation des codons dans les petits génomes ;</li>
+ <li>l'identification rapide de motifs dans des grands ensembles de séquences ;</li>
+ <li>des outils pour présenter les résultats en vue d'une publication ;</li>
+ <li>et bien plus...</li>
</ul>
</project>
@@ -598,9 +598,9 @@
deb="http://debian.wgdd.de/debian/dists/unstable/contrib/binary-all/science/";>
Jmol est un visualisateur de molécules libre, pour les étudiants, les enseignants
et les chercheurs en chimie et biochimie. Il fonctionne sur plusieurs plates-formes,
- comme Windows, Max OS X et les systèmes Linux/Unix.
+ comme Windows, Max OS X et les systèmes Linux/Unix.
<ul>
- <li>JmolApplet est une applette pour navigateur web qui peut être
+ <li>JmolApplet est une applet pour navigateur web qui peut être
insérée dans des pages web.</li>
<li>L'application Jmol est une application Java indépendante qui
est exécutée localement.</li>
@@ -614,7 +614,7 @@
license="GPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/treeview/";>
Java TreeView est un visualisateur modulaire pour données au format PCL ou
- CDT venant de puces à ADN
+ CDT venant de puces à ADN.
</project>
<project name="PerlPrimer"
@@ -622,7 +622,7 @@
license="GPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/perlprimer/";>
PerlPrimer est une application graphique libre écrite en Perl pour
- choisir des amorces pour des PCRs standard, à bisulfite, en temps réel
+ choisir des amorces pour des PCR standard, à bisulfite, en temps réel
et pour le séquençage. Son but est d'automatiser et de simplifier
le procédé de choix des amorces.
</project>
@@ -637,11 +637,11 @@
avec les critères suivants :
</p>
<ul>
- <li>La température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur
- contenu en GC et la possibilité de former des dimères.</li>
- <li>La taille du produit de PCR.</li>
- <li>Les contraintes positionelles dans la séquence source.</li>
- <li>Diverses autres contraintes.</li>
+ <li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur
+ contenu en GC et la possibilité de former des dimères ;</li>
+ <li>la taille du produit de PCR ;</li>
+ <li>les contraintes positionelles dans la séquence source ;</li>
+ <li>diverses autres contraintes.</li>
</ul>
<p>
Tous ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes
@@ -657,14 +657,14 @@
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/smile/";>
<p>
SMILE est un outil qui infère des motifs dans un ensemble de séquences,
- d'après certains critères. Il a d'abords été créé pour inférer des sites
+ d'après certains critères. Il a d'abord été créé pour inférer des sites
remarquables comme les sites de fixation sur une séquence d'ADN. À partir de
- la version 1.4, il permet d'inférer des motifs écrit dans tout alphabet,
+ la version 1.4, il permet d'inférer des motifs écrits dans tout alphabet,
même dégénéré, pour tout type de séquences.
</p>
<p>
La spécificité de SMILE est de permettre de manipuler ce que l'on
- appelle des « motifs structurés », qui sont des
+ appelle des « motifs structurés », qui sont des
motifs associés par des contraintes de distance.
</p>
</project>
@@ -711,7 +711,7 @@
progrès développés par la communauté académique, comme la boîte à outils
Globus Metacomputing, le système d'entrée-sortie parallèle de fichiers
HDF5, la bibliothèque PETSc, le démêlage adaptatif d'enchevêtrements
- (« adaptive mesh refinement» ), des interfaces web
+ (« adaptive mesh refinement »), des interfaces web
et des outils avancés pour la visualisation.
</p>
</project>
@@ -723,7 +723,7 @@
<p>
Ce programme lit les données depuis un séquenceur ABI 3700, 3100, 377 ou
373, un CEQ 2000, ou un SCF, et les reconstruit sous forme d'une image de
- gel qui est redressée et redimentionnée. Des boîtes peuvent facilement être
+ gel qui est redressée et redimensionnée. Des boîtes peuvent facilement être
définies et visualisées comme des vignettes, ce qui donne un moyen assez
rapide et facile d'évaluer un gel.
</p>
@@ -746,7 +746,7 @@
Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme
les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes
compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les
- interactions non-covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup
+ interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup
de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non
biologiques, comme les polymères.
</p>
@@ -773,9 +773,9 @@
url="http://www.bioinformatics.buffalo.edu/new_buffalo/people/zhang6/TM-align";
license="<free />">
TM-align est un programme d'alignement structural qui compare deux protéines
- de séquence différente. TM-align va d'abord rechercher les résidus les plus
+ de séquences différentes. TM-align va d'abord rechercher les résidus les plus
équivalents dans les deux protéines, d'après la similarité de leurs
- structures, puis ensuite produit un score « TM ».
+ structures, puis ensuite produit un score « TM ».
</project>
Attachment:
signature.asc
Description: Digital signature