Hola,
voy a intentar responder correctamente porque el mensaje es (al menos para mi) un poco confuso.
Si instalas varios servidores tienes que tener en cuenta que podria haber problemas de algun tipo, ya sea en el propio sistema o entre los propios servidores.
Si un paquete no esta disponible mira en Internet el motivo. Una posible razon es que existan problemas de seguridad y que lo hayan retirado mientras lo solucionan.
No se bien que te has bajado con apt-download, si es el codigo fuente o el que.
Para envios largos de texto podrias usar pastebin, una parte para cualquier cosa que parezca que algo no va bien y otra para todo lo demas.
Un saludo