Re: oom-killer no funciona como debería.

Gracias Oswaldo.

He estado mirando la configuración de Apache y he encontrado alguna cosa mejorable.

De todas maneras aunque Apache estuviera mal configurado y utilizase más memoria de la que debería entiendo que la debería de ver reflejada en la memoria libre.

Ahora se acaba de reiniciar mysql otra vez. Cuando lo ha hecho se estaba subiendo un fichero al mysql desde un formulario de la web y cargándolo en una tabla de mysql. El fichero ocupa 1,15 G. En el primer correo no disponía de la salida de vmstat para pegarlo, pero ahora sí, ejecutándose cada 3 sg sale lo siguiente:

procs -----------memory---------- ---swap-- -----io---- -system-- ----cpu----

r b swpd free buff cache si so bi bo in cs us sy id wa

3 1 9852 15138904 5320 13135992 0 0 239 18743 3750 4352 11 0 88 1

4 0 9852 15113336 5404 13162260 0 0 87 7967 3130 3862 13 0 86 1

4 0 9852 15072972 5688 13195564 0 0 532 9706 3708 3503 15 1 84 1

3 0 9852 15040076 5760 13225328 0 0 80 12579 4180 4988 11 0 88 1

5 0 9852 15017408 5800 13253212 0 0 31 12678 4164 4459 19 1 80 0

3 1 9852 14992168 5924 13283580 0 0 80 13179 5154 6640 9 0 90 1

2 5 9852 15087296 3428 13204196 0 0 2879 18701 6007 5518 15 1 76 9

3 2 9852 15046564 3888 13236964 0 0 877 6705 4403 5063 10 0 85 4

3 1 9852 15039628 4012 13252176 0 0 5681 17683 6337 8803 14 1 77 8

3 0 9852 15007564 4272 13282400 0 0 104 6932 3013 1758 14 0 85 1

3 0 9852 14977520 5040 13310652 0 0 603 13573 5566 4285 9 0 89 1

4 0 9852 14951516 5132 13343960 0 0 85 9594 5839 4115 16 0 82 2

3 0 9852 14917308 5660 13372632 0 0 601 15876 6305 4843 10 0 84 5

3 4 9852 14990888 5420 13296736 0 0 1036 5177 3061 2143 11 0 80 9

5 0 9852 14974044 5568 13316592 0 0 667 12701 4728 3052 14 1 74 11

2 3 9852 14928648 1984 13345372 0 0 1312 14722 5780 8408 10 1 86 3

0 1 9852 19130736 4532 13349268 0 0 2557 4197 3047 5435 3 2 87 8

0 2 9852 19166220 6224 13311708 0 0 1025 727 1657 2041 2 0 85 13

1 0 9852 19256336 6640 13223716 0 0 1833 297 1265 649 1 0 96 4

0 2 9852 19245636 7940 13230084 0 0 2737 116 1601 2039 0 0 97 3

0 1 9852 19240328 8804 13232392 0 0 820 706 1426 7295 1 0 96 2

1 0 9852 19235716 9008 13236084 0 0 649 205 1627 4513 1 0 98 1

0 0 9852 19236624 9044 13240324 0 0 11 1421 2106 3454 0 0 99 0

0 0 9852 19239228 9112 13244856 0 0 99 160 2115 2295 1 0 99 1

1 0 9852 19235060 9296 13251068 0 0 276 2639 2586 4045 0 0 99 1

1 0 9852 19226752 9408 13260812 0 0 40 157 3053 3948 1 0 99 0

1 0 9852 19212104 9744 13271148 0 0 141 6591 3788 6791 1 0 98 0

0 0 9852 19203596 9820 13279908 0 0 89 2537 2975 5262 1 0 99 0

1 0 9852 19192860 9876 13289828 0 0 621 3435 2631 22059 1 0 98 1

0 0 9852 19186064 10148 13299564 0 0 519 1393 3147 27693 2 1 96 2

2 0 9852 19178252 10244 13308176 0 0 89 4543 2289 2897 1 0 98 0

1 0 9852 19162580 10876 13317660 0 0 128 4468 3635 10674 1 1 98 0

2 0 9852 19067216 11472 13334640 0 0 2903 3317 5963 24712 3 2 91 3

A mitad de tabla se aprecia como la memoria libre pasa de unos 15G a poco más de 19G. Ha sido el momento en que, según sale en syslog, apache ha llamado al proceso oom-killer y ha tirado mysql. No entiendo porqué apache considera que 15 G de memoria libre son pocos y es necesario hacer sitio.

Un saludo y gracias.

El 3 de abril de 2017, 1:06, Oswaldo Franco <franco.oswaldo@gmail.com> escribió:

Hola Luis, revisa bien la configuración del apache. Sobre todo asignaciones de memoria RAM o algo así.

Espero te ayude mi indicio.

Saludos

El 2 abr. 2017 13:12, "luis gil" <luis.gilportero@gmail.com> escribió:
Buenas tardes. Espero que me puedan ayudar. El caso es que tengo un servidor con Debian 6. Está corriendo mysql 5.1 y apache 2 con una aplicación en php. La máquina tiene 31 G de RAM y 24 procesadores con 6 cores cada uno. El SO es de 32 bits.

De vez en cuando, varias veces al día, normalmente con consultas pesadas a la base de datos, se reinicia el mysql con consecuencias desde indetectables a desastrosas. Mirando el syslog me sale lo siguiente:

Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058476] apache2 invoked oom-killer: gfp_mask=0x44d0, order=2, oom_adj=0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058481] apache2 cpuset=/ mems_allowed=0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058487] Pid: 10826, comm: apache2 Tainted: G        W 2.6.32-5-686-bigmem #1
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058491] Call Trace:
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058501] [<c1090380>] ? oom_kill_process+0x60/0x201
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058508] [<c10908fd>] ? __out_of_memory+0xf4/0x107
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058514] [<c109096a>] ? out_of_memory+0x5a/0x7c
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058519] [<c109322c>] ? __alloc_pages_nodemask+0x3ef/0x4d9
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058526] [<c1093322>] ? __get_free_pages+0xc/0x17
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058532] [<c10b6fb9>] ? __kmalloc_track_caller+0x34/0x124
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058540] [<c11e1289>] ? sock_alloc_send_pskb+0xaa/0x25f
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058544] [<c11e5052>] ? __alloc_skb+0x4a/0x115
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058550] [<c11e1289>] ? sock_alloc_send_pskb+0xaa/0x25f
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058558] [<c102ac40>] ? __wake_up_sync_key+0x33/0x49
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058565] [<c11449e3>] ? copy_from_user+0x27/0x10e
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058571] [<c11e144a>] ? sock_alloc_send_skb+0xc/0xf
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058578] [<c12421f7>] ? unix_stream_sendmsg+0x134/0x2c4
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058585] [<c11de589>] ? __sock_sendmsg+0x43/0x4a
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058591] [<c11de633>] ? sock_aio_write+0xa3/0xb0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058598] [<c10bb522>] ? do_sync_write+0xc0/0x107
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058605] [<c104c062>] ? run_posix_cpu_timers+0x65f/0x67a
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058612] [<c104abbe>] ? autoremove_wake_function+0x0/0x2d
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058618] [<c10bb20d>] ? fsnotify_access+0x5a/0x61
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058625] [<c110b1d0>] ? security_file_permission+0xc/0xd
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058630] [<c10bbe3d>] ? vfs_write+0x8f/0xd6
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058635] [<c10bbf1c>] ? sys_write+0x3c/0x63
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058641] [<c100813b>] ? sysenter_do_call+0x12/0x28
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058644] Mem-Info:
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058646] DMA per-cpu:
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058649] CPU    0: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058652] CPU    1: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058656] CPU    2: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058659] CPU    3: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058663] CPU    4: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058666] CPU    5: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058668] CPU    6: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058671] CPU    7: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058674] CPU    8: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058677] CPU    9: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058679] CPU   10: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058682] CPU   11: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058685] CPU   12: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058689] CPU   13: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058692] CPU   14: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058695] CPU   15: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058698] CPU   16: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058701] CPU   17: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058704] CPU   18: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058708] CPU   19: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058711] CPU   20: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058714] CPU   21: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058717] CPU   22: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058721] CPU   23: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058723] Normal per-cpu:
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058726] CPU    0: hi: 186, btch: 31 usd: 178
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058730] CPU    1: hi: 186, btch: 31 usd: 118
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058733] CPU    2: hi: 186, btch: 31 usd: 54
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058736] CPU    3: hi: 186, btch: 31 usd: 107
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058739] CPU    4: hi: 186, btch: 31 usd: 81
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058743] CPU    5: hi: 186, btch: 31 usd: 113
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058746] CPU    6: hi: 186, btch: 31 usd: 73
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058750] CPU    7: hi: 186, btch: 31 usd:   2
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058753] CPU    8: hi: 186, btch: 31 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058757] CPU    9: hi: 186, btch: 31 usd: 59
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058760] CPU   10: hi: 186, btch: 31 usd: 30
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058764] CPU   11: hi: 186, btch: 31 usd:   0
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058767] CPU   12: hi: 186, btch: 31 usd: 174
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058771] CPU   13: hi: 186, btch: 31 usd: 168
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058774] CPU   14: hi: 186, btch: 31 usd: 132
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058778] CPU   15: hi: 186, btch: 31 usd: 106
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058781] CPU   16: hi: 186, btch: 31 usd: 99
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058785] CPU   17: hi: 186, btch: 31 usd: 91
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058788] CPU   18: hi: 186, btch: 31 usd: 50
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058792] CPU   19: hi: 186, btch: 31 usd: 38
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058795] CPU   20: hi: 186, btch: 31 usd: 95
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058799] CPU   21: hi: 186, btch: 31 usd: 70
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058802] CPU   22: hi: 186, btch: 31 usd: 61
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058806] CPU   23: hi: 186, btch: 31 usd: 61
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058809] HighMem per-cpu:
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058812] CPU    0: hi: 186, btch: 31 usd: 69
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058815] CPU    1: hi: 186, btch: 31 usd: 45
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058819] CPU    2: hi: 186, btch: 31 usd: 26
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058823] CPU    3: hi: 186, btch: 31 usd: 160
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058827] CPU    4: hi: 186, btch: 31 usd: 108
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058830] CPU    5: hi: 186, btch: 31 usd: 162
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058834] CPU    6: hi: 186, btch: 31 usd: 128
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Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.058994] Swap cache stats: add 26965, delete 25998, find 586333133/586335409
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Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.195358] 8292353 pages HighMem
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.195359] 202153 pages reserved
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Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.195360] 367159 pages non-shared
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.195362] Out of memory: kill process 22973 (mysqld_safe) score 110038 or a child
Mar 31 13:34:05 LaCuqui3 kernel: [30300729.195408] Killed process 10926 (mysqld)

No soy capaz de descifrar todo el contenido del log pero por lo que soy capaz de entender, el problema empieza con que apache llama a oom-killer (en otros casos lo llama php). En principio esto se produce cuando hay problemas de memoria, pero he comprobado (o eso creo) que esto no es así. Durante una de estas caídas, estaba lanzando el comando "vmstat 5", comprobando el estado de la memoria cada 5 sg, y la memoria libre no ha bajado de 22G. Además he instalado hace unas semanas una herramienta de monitorización (pandora) que tampoco ha detectado caidas de memoria aunque la comprobación la hace cada 5 mn.

He estado investigando cómo funciona el oom-killer y esto no debería de estar sucediendo. El oom-killer se llama cuando un proceso necesita memoria y la máquina no dispone de ella. Entonces ejecuta un algoritmo más o menos complejo y selecciona un proceso para tirar. Supongo que siempre selecciona mysql porque será el que más memoria consume. He averiguado cómo hacer que no seleccione nunca mysql pero eso no solucionaría el problema original, ya que seleccionaría otro proceso y a lo mejor es peor el remedio que la enfermedad.

Esto viene sucediendo desde hace más o menos 3 meses. En este tiempo no he modificado nada en la máquina salvo algo de código php (lo justo e imprescindible). Lo que también cambia diariamente es la cantidad de datos que contiene el mysql, que va subiendo diariamente. Tiene muchos datos. El backup comprimido ocupa unos 8G. Esto provoca que hay consultas realmente pesadas, pero por lo que he visto no llegan a comerse la memoria en absoluto. No creo que esto tenga nada que ver pero lo indico por si acaso.

En resumen, ¿cual puede ser la razón de que se llame al oom-killer cuando hay memoria de sobras? ¿la memoria libre que me muestra vmstat es real o puede haber alguna memoria que no me esté mostrando y que hay que restar a la libre? ¿algún comando mejor para monitorizar el uso de memoria?

Un saludo y gracias de antemano.