Aparte de lo que han comentado los compañeros, y por especificar un poco
más.
En /home están *solo* los archivos personales de los usuarios y las
configuraciones personales de los programas que usan. El sistema en las
actualizaciones no toca nada de /home, lo hará, actualizando si es caso
el archivo de configuración correspondiente cada programa cuando lo
ejecutes después de una actualización. Normalmente, si has hecho
modificaciones a ese archivo no te las toca o en caso necesario pregunta
antes de tocar nada.
Las configuraciones "generales" del sistema están en /etc, antes de una
actualización es aconsejable hacer un backup de /etc (igual de de /home
y quizás de /var/mail), sin entrar en la necesidad de los backups
habituales que todos deberíamos tener.
Y para terminar, piensa que para tu sistema las distintas particiones,
discos, etc, se comportan como directorios, tu veras (y trabajaras)
igual en /home/tu_usuario este en una partición separada, en un disco
para ella sola o sea un directorio más de una única partición.
Saludos.