Saludos,
Seguramente debas instalar los codecs de video, estos se encuentran en el repositorio de debian multimedia[0] el cual deberias agregar al fichero /etc/apt/sources.list de acuerdo a tu distribucion de Debian:
Por ej. para Debian Squeeze (Stable), agrega la siguiente linea:
deb http://www.deb-multimedia.org squeeze main non-freeLuego deberas hacer un apt-get update para actualizar el indice de paquetes y luego instalar los codecs:
Para 32 bits:
# apt-get install w32codecs
Para 64 bits:
# apt-get install w64codecs