Lo mas probable es que tu make este compilando todo el codigo.
Utiliza el script que te envie y modificale las opciones para tu caso.
Supongo que cada vez que haces un nuevo modulo de tu software tienes
que entrar al make
e incluirlo en el path de compilación. Sin embargo, en el script que te envie es
el propio codigo el que busca los archivos que tu haz modificado y arma
la sentencia de compilacion
$(PROGRAM): $(OBJS)
$(LINKER) $(LDFLAGS) $(OBJS) -o $(PROGRAM)
No necesitas estar metiendote al make cada vez que creas un nuevo modulo.
Algunos makes, por ejemplo el que usa glade, tiene esa gran desventaja.
Espero te sirva de ayuda.