Si tienes el programa en modulos, claro que si, puedes usar GNUmakefile
Te paso un codigo que tengo de un colega, como ejemplo, tendrias que
cambiarle las banderas de compilador y del linker, tambien el nombre
del programa. En este caso el compilador que uso es gcc, el linker es
mpicc y el formato de tus archivos, en este caso como uso C, pues son
.c pero en fortran supongo usas .f95 o .f
lo copias a tu path (PRIMERO PRUEBALO EN OTRO LADO NO SEA QUE VAYAS A
MODIFICAR LOS WILDCARDS y borres todo) y lo usas como:
make (este comando te compila solo los modulos que haz modificado!!!)
make clean (limpia todos los objetos, asi que si le daz primero make
clean y despues make te compilara TODO tu codigo)
make install (te instala el codigo en /usr/bin, lo tienes que ejecutar
como root)
Esto te ahorrara muchisimo tiempo al compilar solo lo que modificas.
Ahora si tienes tu codigo en un solo bloque, pues creo que sera medio
complicado.