Dado que libecw no está empaquetado, vas a necesitar hacer las cosas "a mano". Básicamente, usa $ pbuilder login --bindmounts [un directorio para resultados] Eso te dará un shell *dentro* del chroot. Instala ahí las dependenciasde tu paquete y las bibliotecas de ecw (a mano).
Hasta aquí todo bien, pero en el siguiente paso debo hacer algo mal y sigue sin detectarme las librerías (se han instalado correctamente en /chroot/usr/local/lib) y vuelve a generar los paquetes sin ecw. Desde la shell abierta dentro del chroot hago sudo pbuilder build gdal-1.4.1-6.dsc y entonces me crea un nuevo "build Environment" dentro de /chroot/var/cache/pbuilder/build en el que no están instaladas las libecw y por eso crea el paquete sin ecw. Una ayudita, que ya me falta menos...