La única forma que se me ocurre es que bajes el paquete fuente. Si no
quieres complicarte mucho la vida ve a
packages.debian.org/<el paquete que te interesa>
Si hay más de una versión disponible para Debian te va a salir la
lista. Elige la tuya. Baja hasta el final de la página, a dónde dice
'Source package'. Hay vínculos a tres archivos, un *dsc, un
*orig.tar.gz y un *diff.gz. Baja los tres.
Instala dpkg-dev (apt-get install dpkg-dev). En el directorio dónde
tienes los archivos que bajaste, dile
dpkg-source -x <el .dsc>
Te va a quedar un directorio <paquete>-<versión>. Dentro de él hay un
directorio debian/ y dentro un archivo rules, que es un Makefile que
construye el paquete. En particular, debe haber una regla configure:
que corre el ./configure
Fácil, ¿no? :-)