Si tienen clusters rotos, ningun programa va a poder arreglartelos, ya que es un daño de HARDWARE. Ahora, si lo que quieres es ignorar esos clusters puedes formatearlos en ext3 y de hay usar el fsck para marcar los clusters defectuosos (o en la instalacion de debian, cuando te diga "buscar sectores defectuosos" dile que si). Con eso tal vez puedas recuperarlos.