A mi me ha pasado un par de veces. Pero no es que los pierdas. TE cuento mi
caso.
Tengo el mldonkey en /home/mldonkey/mldonkey-distrib2.0/
si ejecuto el ./mldonkey desde por ejemplo /home/mldonkey/ entonces no carga
ninguna de las configuraciones ni archivos que estaba bajando (y me crea
unos nuevos archivos de configuración en /home/mldonkey)
Así que lo que hay que hacer es matar el mldonkey y ejecutarlo de nuevo
desde /home/mldonkey/mldonkey-distrib2.0/ Y veras que reaparece todo.
Espero que solo sea eso
Por lo del tiempo no te preocupes, yo tengo unos archivos quelllevan meses y
no me los ha borrado!