Dependendo do tipo de armazenamento que você escolheu (XML ou SQL), talvez uma alternativa seja excluir esse lançamento "por fora". Se for em XML, ele guarda as informações em um arquivo XML compactado (com gzip) com a extensão ".kmy", é só descompactar ele e abrir o arquivo em um editor de textos. Olhando rapidamente a estrutura desse XML, existe uma tag "<TRANSACTIONS>", e dentro dela várias tags "<TRANSACTION>", por exemplo:
<TRANSACTIONS count="2">
<TRANSACTION memo="" entrydate="2020-06-12" commodity="BRL" postdate="2020-06-12" id="T000000000000000001">
<SPLITS>
<SPLIT reconcileflag="0" price="1/1" value="1000/50" memo="" reconciledate="" account="A000001" shares="1000/50" action="" id="S0001" payee="" bankid="" number=""/>
<SPLIT reconcileflag="0" price="1/1" value="-1000/50" memo="" reconciledate="" account="A000002" shares="-1000/50" action="" id="S0002" payee="" bankid="" number=""/>
</SPLITS>
</TRANSACTION>
<TRANSACTION memo="" entrydate="2020-06-12" commodity="BRL" postdate="2020-06-12" id="T000000000000000002">
<SPLITS>
<SPLIT reconcileflag="0" price="1/1" value="-17719/100" memo="" reconciledate="" account="A000001" shares="-17719/100" action="" id="S0001" payee="P000003" bankid="" number=""/>
<SPLIT reconcileflag="0" price="1/1" value="17719/100" memo="" reconciledate="" account="A000003" shares="17719/100" action="" id="S0002" payee="P000003" bankid="" number=""/>
</SPLITS>
</TRANSACTION>
</TRANSACTIONS>
Então você pode procurar pela transação problemática, excluir a tag "<TRANSACTION>...</TRANSACTION>" correspondente, salvar o arquivo, compactar novamente com o gzip e ver se resolve. Só não esqueça de manter um backup do arquivo original caso alguma coisa dê errado.
Se for em SQL, daí vai depender do servidor escolhido. Pelo que vi, o KMyMoney suporta MySQL, PostgreSQL e um SQLite Cypher, o que implica em conectar nesses bancos via um cliente SQL apropriado e rodar um comando SQL na tabela certa pra excluir o registro com a transação problemática...
My 2 cents.
Espero ter ajudado.