Olá Thiago,
Deduzindo que seu HD externo está formatado no sistema de arquivo NTFS (compatibilidade com Windows), recomendo desfragmentar seu disco utilizando o Desfragmentador do Windows. Os sistemas de arquivos utilizados pelas distribuições GNU/Linux utilizam uma estratégia de gravar um arquivo e deixar um espaço livre no disco para que, se necessário, utilizar esse espaço disponível sem dividir o arquivo (fragmentar).
Agora, se deseja utilizar apenas computadores Linux, recomendo formatar seu disco em um sistema de arquivo como o EXT4 ou ReiserFS (eu utilizo o primeiro), pode também pesquisar programas Windows que acessem esses tipos de sistemas.