Para abrir outros arquivos, somente usando a opção "Abrir com Outra Aplicação"
Ja tentou clicar com o botão direito no arquivo, ir em Propriedades > Abrir com e adicionar programas que poderão abrir os arquivos do formato selecionado?
Detalhe, já desinstalei e reinstalei o Nautilus pelo aptitude.
Além de desinstalar, eh interessante mover os arquivos .gconf* e .gnome* pra um outro nome, pois assim vc utiliza configurações zeradas dos programas do gnome. Caso queira voltar com as configurações, é só renomear os diretórios pro nome original.