Resolvido o problema, após rodar o dosfsck /dev/hda1 e escolher a opção 1 (original->backup) o problema ainda persistiu, mas eu tentei o dosfsck -a (reparo automático) /dev/hda1 e dosfsck -r (recursivo) /dev/hda1 com a opção 1 primeiro, depois use a opção 2 (backup->original) e rebootei, o problema sumiu e o windows não foi alterado em nada. Agora meu gnu inicia como deveria. Obrigado ao Roberto pelo apoio, Igor Abrahão