Re: Aeskulap. Linux w medycynie.
2009/2/3 Jacek Kawa <jacek.kawa@gmail.com>:
> Jak podają anonimowe źródła, przepowiedziano, że Krzysztof Zubik napisze:
>
> [...]
>> > Jestem studentem medycyny. Gdybym umiał programować, zająłbym się tym
>> > programem.
>> >
>> > Czy ktoś z Was chce lub zna kogoś żeby pomóc ruszać dalej ten projekt?
>> >
>> > http://aeskulap.nongnu.org/participate.html
>> >
>> > np. eksport obrazów do jpeg byłby bardzo przydatny, opcja drukowania
>> > czy też odczytywanie płyt cd
>> >
>> >
>> > Piszę, bo może macie jakiegoś znajomego/znajomą np Fizyce Medycznej,
>> > albo macie znajomych w jakimś kółku naukowym. Jeśli tak, to przekażcie
>> > im informacje, że taki projekt open-source czeka na rozruszanie.
>
>> Co do detali ja wiele nie pomoge, gdyz medycyna, to nie moja dziedzina.
>> Jednakze wiem, ze kilku lekarzy i studentow medycyny jest tez w
>> innych grupkach linuxowych i przekaze ta wiadomosc.
>
> [...]
>> One podaja wiele ciekawostek. O Aesculapie wiecej pod
>> http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=Aeskulap&btnG=Szukaj&lr=lang_pl
>> O formacie DICOM (teraz dowiedzialem sie, ze taki tez istnieje) i jak
>> okazalo sie, ze i o innych narzedziach do jego obslugi i prawdopodobnie
>> tez do
>> jego przetwarzania na inne formaty wiec to czego chciales pod
>> http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=DICOM&btnG=Szukaj&lr=lang_pl
>
>
> Co do DICOMu - to akurat więcej niż format plików z obrazami:
> to cały standard dotyczący transmisji i składowania (co dla
> niektórych może być ciekawe - standard zorientowany obiektowo
> na klasy obiekt - usługa).
>
> W każdym razie najlepszym, moim zdaniem, _narzędziem_ do robienia
> czegokolwiek z DICOMem pod Debianem jest pakiet dcmtk. Następna
> w kolejności jest przeglądarka xmedcon + konsolowy medcon oraz
> imagemagick.
>
> 1. dcmtk: jest obsługa między innymi transmisji
> w usłudze storage, wyszukiwania i transmisji w usłudze move
> (w skrócie: można wysyłać i odbierać obrazy/dane z serwera
> dicomowego) + prosty serwer + indeksowanie do dicomdirów + wiele innych.
> Dostępne są też odpowiednie biblioteki.
>
> Bonus: nieoceniony dcmdump, (dzięki któremu udało mi się przyspieszyć
> czytanie dicomów, a właściwie dicomdirów, w matlabie jakieś 10x).
>
> 2. xmedcon: o tyle dobrze, że jest, bo możliwościami jakoś specjalnie
> nie zaskakuje (nie jako przeglądarka). Za to razem z bliźniaczym medconem
> jest już całkiem przydatnym narzędziem do czytania pre-DICOMów,
> anonimizacji czy konwersji.
>
> 3. imagemagick - wiadomo :)
>
>
>> Dalej przegladajac linki pod
>> http://www.mandrivalinux.eu/showthread.php?t=338068&page=2
>> cos o kompilacji Gimp-a, zeby on obslugiwal *.dicom Dalej na drugiej
>> stronie
>> w googlach jeszcze ciekawszy link http://soft4linux.pl/?cat=18
>> o roznych linuxowych programach graficznych. Ten ostatni
>> ImageJ obsluguje m.in *.dicom Coz moze go poprobowac.
>
> DICOM jako format jest dość specyficzny. W czasie jednego badania może być
> generowanych kilka serii. Każda seria to np. 100 pojedynczych obrazów. Obrazy te
> mogą być wciśnięte do jednego pliku albo rozproszone (najczęściej wszystko
> jest rozproszone ale zindeksowane w pliku DICOMdir i składane w locie przez przeglądarki).
> Tak czy siak jednak - typowy obiekt dicomowy (zwykle obraz) - będzie zawierał
> m.in. dane o pacjencie, badaniu, serii, ułożeniu aparatu (te dane
> są różne w zależności od tego, czy to tomograf, czy rezonans, czy USG, ...)
> oraz dane obrazowe. Czasami do tego dołączony będzie raport (z aplikacji
> przetwarzającej bądź z opisu).
>
> Same dane obrazowe to od 8 - 12/16 bitów typowo LE lub BE (standard przewiduje
> jeszcze dodatkowo bardziej oryginalne kombinacje). Obrazy najczęściej
> monochromatyczne (zwykle odcienie szarości). Wyświetlając to trzeba wybrać z różnych
> możliwości odwzorowania wartości piksela -> wartość wyświetlaną i skorzystać z
> predefiniowane schematów lub dopiętej do obiektu funkcji przejścia lub tablicy przejścia/LUT
> lub jeszcze jakoś inaczej, w zalezności od tego, co podpowie wyobrażnia. Do obrazów
> mogą być również przypięte parametry okna wyświetlania kontrast + jasność) oraz cała
> masa podobnych danych, których w jpeg się nie uświadczy.
>
> Po prostu DICOM próbuje ujednolicić operacje na danych medycznych,
> które ze swej natury są bardzo różne. Znajduje to odzwierciedlenie w stopniu
> komplikacji oprogramowania (oraz samego standardu).
>
> ...
> Tutaj powinno być więcej, ale zamiast tego zachęcam do spojrzenia na
> strony PG (http://medtech.eti.pg.gda.pl).
> ...
>
> REASUMUJĄC: po dłuższym użeraniu się z tym na piechotę prościej
> jest jednak skorzystać z przeglądarki DICOMowej dedykowanej tego typu danym
> (specjalizacja jest nawet dalsza - oprogramowanie może np.
> "rozumieć" obiekty dicome związane z rezonansem magnetycznym, a z
> tomografem już nie: patrz formularz zgodności dołączony do każdej
> aplikacji/sprzętu). Poleganie tu na gimpie to raczej masochizm.
>
> Dla chcących się pobawić - http://www.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/ -> ściągnąć
> dowolny obraz MR głowy i potraktować dcmdupem, pooglądać w xmedconie itp.
>
> [ciach]
>
> Wracając do oprogramowania - na laboratoriach z systemów medycznych
> używałem swego czasu CDMedic - dystrybucji stworzonej przez (jeśli pamiętam)
> lekarza radiologa na własne potrzeby, a opartej na Debianie. Zawiera
> m.in. serwer PACS (DICOMowski serwer obrazów + indeksowanie + logistyka),
> różne przeglądarki (w tym nawet jakieś proste rekonstrukcje 3D) itp.
>
>
> PS. Co ciekawe na Maca jest dostępna otwartoźródłowa przeglądarka OsiriX
> (dla niektórych 8 cud świata; dla innych 7,5).
>
> PPS. Wspomniany projekt pooglądam, może ktoś będzie się tym
> chciał zająć.
>
Czy ktos zprawdzal:
http://en.wikipedia.org/wiki/Veterans_Health_Information_Systems_and_Technology_Architecture
"VistA"
Veterans Health Information Systems and Technology Architecture
Jeden z najwiekszysz systemow medycznych w open source.
Lukasz
Reply to: