Re: Aeskulap. Linux w medycynie.
Jak podają anonimowe źródła, przepowiedziano, że Krzysztof Zubik napisze:
[...]
> > Jestem studentem medycyny. Gdybym umiał programować, zająłbym się tym
> > programem.
> >
> > Czy ktoś z Was chce lub zna kogoś żeby pomóc ruszać dalej ten projekt?
> >
> > http://aeskulap.nongnu.org/participate.html
> >
> > np. eksport obrazów do jpeg byłby bardzo przydatny, opcja drukowania
> > czy też odczytywanie płyt cd
> >
> >
> > Piszę, bo może macie jakiegoś znajomego/znajomą np Fizyce Medycznej,
> > albo macie znajomych w jakimś kółku naukowym. Jeśli tak, to przekażcie
> > im informacje, że taki projekt open-source czeka na rozruszanie.
> Co do detali ja wiele nie pomoge, gdyz medycyna, to nie moja dziedzina.
> Jednakze wiem, ze kilku lekarzy i studentow medycyny jest tez w
> innych grupkach linuxowych i przekaze ta wiadomosc.
[...]
> One podaja wiele ciekawostek. O Aesculapie wiecej pod
> http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=Aeskulap&btnG=Szukaj&lr=lang_pl
> O formacie DICOM (teraz dowiedzialem sie, ze taki tez istnieje) i jak
> okazalo sie, ze i o innych narzedziach do jego obslugi i prawdopodobnie
> tez do
> jego przetwarzania na inne formaty wiec to czego chciales pod
> http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=DICOM&btnG=Szukaj&lr=lang_pl
Co do DICOMu - to akurat więcej niż format plików z obrazami:
to cały standard dotyczący transmisji i składowania (co dla
niektórych może być ciekawe - standard zorientowany obiektowo
na klasy obiekt - usługa).
W każdym razie najlepszym, moim zdaniem, _narzędziem_ do robienia
czegokolwiek z DICOMem pod Debianem jest pakiet dcmtk. Następna
w kolejności jest przeglądarka xmedcon + konsolowy medcon oraz
imagemagick.
1. dcmtk: jest obsługa między innymi transmisji
w usłudze storage, wyszukiwania i transmisji w usłudze move
(w skrócie: można wysyłać i odbierać obrazy/dane z serwera
dicomowego) + prosty serwer + indeksowanie do dicomdirów + wiele innych.
Dostępne są też odpowiednie biblioteki.
Bonus: nieoceniony dcmdump, (dzięki któremu udało mi się przyspieszyć
czytanie dicomów, a właściwie dicomdirów, w matlabie jakieś 10x).
2. xmedcon: o tyle dobrze, że jest, bo możliwościami jakoś specjalnie
nie zaskakuje (nie jako przeglądarka). Za to razem z bliźniaczym medconem
jest już całkiem przydatnym narzędziem do czytania pre-DICOMów,
anonimizacji czy konwersji.
3. imagemagick - wiadomo :)
> Dalej przegladajac linki pod
> http://www.mandrivalinux.eu/showthread.php?t=338068&page=2
> cos o kompilacji Gimp-a, zeby on obslugiwal *.dicom Dalej na drugiej
> stronie
> w googlach jeszcze ciekawszy link http://soft4linux.pl/?cat=18
> o roznych linuxowych programach graficznych. Ten ostatni
> ImageJ obsluguje m.in *.dicom Coz moze go poprobowac.
DICOM jako format jest dość specyficzny. W czasie jednego badania może być
generowanych kilka serii. Każda seria to np. 100 pojedynczych obrazów. Obrazy te
mogą być wciśnięte do jednego pliku albo rozproszone (najczęściej wszystko
jest rozproszone ale zindeksowane w pliku DICOMdir i składane w locie przez przeglądarki).
Tak czy siak jednak - typowy obiekt dicomowy (zwykle obraz) - będzie zawierał
m.in. dane o pacjencie, badaniu, serii, ułożeniu aparatu (te dane
są różne w zależności od tego, czy to tomograf, czy rezonans, czy USG, ...)
oraz dane obrazowe. Czasami do tego dołączony będzie raport (z aplikacji
przetwarzającej bądź z opisu).
Same dane obrazowe to od 8 - 12/16 bitów typowo LE lub BE (standard przewiduje
jeszcze dodatkowo bardziej oryginalne kombinacje). Obrazy najczęściej
monochromatyczne (zwykle odcienie szarości). Wyświetlając to trzeba wybrać z różnych
możliwości odwzorowania wartości piksela -> wartość wyświetlaną i skorzystać z
predefiniowane schematów lub dopiętej do obiektu funkcji przejścia lub tablicy przejścia/LUT
lub jeszcze jakoś inaczej, w zalezności od tego, co podpowie wyobrażnia. Do obrazów
mogą być również przypięte parametry okna wyświetlania kontrast + jasność) oraz cała
masa podobnych danych, których w jpeg się nie uświadczy.
Po prostu DICOM próbuje ujednolicić operacje na danych medycznych,
które ze swej natury są bardzo różne. Znajduje to odzwierciedlenie w stopniu
komplikacji oprogramowania (oraz samego standardu).
...
Tutaj powinno być więcej, ale zamiast tego zachęcam do spojrzenia na
strony PG (http://medtech.eti.pg.gda.pl).
...
REASUMUJĄC: po dłuższym użeraniu się z tym na piechotę prościej
jest jednak skorzystać z przeglądarki DICOMowej dedykowanej tego typu danym
(specjalizacja jest nawet dalsza - oprogramowanie może np.
"rozumieć" obiekty dicome związane z rezonansem magnetycznym, a z
tomografem już nie: patrz formularz zgodności dołączony do każdej
aplikacji/sprzętu). Poleganie tu na gimpie to raczej masochizm.
Dla chcących się pobawić - http://www.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/ -> ściągnąć
dowolny obraz MR głowy i potraktować dcmdupem, pooglądać w xmedconie itp.
[ciach]
Wracając do oprogramowania - na laboratoriach z systemów medycznych
używałem swego czasu CDMedic - dystrybucji stworzonej przez (jeśli pamiętam)
lekarza radiologa na własne potrzeby, a opartej na Debianie. Zawiera
m.in. serwer PACS (DICOMowski serwer obrazów + indeksowanie + logistyka),
różne przeglądarki (w tym nawet jakieś proste rekonstrukcje 3D) itp.
PS. Co ciekawe na Maca jest dostępna otwartoźródłowa przeglądarka OsiriX
(dla niektórych 8 cud świata; dla innych 7,5).
PPS. Wspomniany projekt pooglądam, może ktoś będzie się tym
chciał zająć.
[...]
Pozdrawiam
--
Jacek Kawa **Co to znaczy sprzęt plus talent...**
Reply to: